文書の過去の版を表示しています。
Gromacs
概要
- フローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージ
- 生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ
インストール方法
簡単な方法
$ sudo apt-get install gromacs gromacs-data gromacs-mpich gromacs-openmpi
- ただし、バージョンが Ubuntu のリポジトリで固定されてしまうため、最新版を扱いたい場合は、Gromacs 5.1.2 インストール方法 (Ubuntu 14.04) を参照
計算手順
ファイルの仕様
力場
Tips
- Ver. 5 の変更点
- 各種コマンドが gmx のサブコマンドに変わった (これまでのコマンドの前に gmx が付くだけ)
- 一部のコマンド (現サブコマンド) の名前が変わった
- tpbconv → convert-tpr
- genbox → solvate, insert molecule
- g_bond → distance
- g_dist → distance
- g_sgangle → ganglle
- マニュアルにコマンドの使い方が載っていない (
gmx helpあるいはgmx help サブコマンドでコマンドの使い方を見ることができる)