hdb ファイル

水素原子を付ける場所を指定するファイル
gmx pdb2gmx 実行時に、このファイルが読み込まれ、水素原子が不足している部位に水素原子が付加される。
gmx pdb2gmx の -ignh はこのファイルを読み込まない。

フォーマット
```
RES_NAME  H_PATTERN_NUM
H_NUM  PATTERN_TYPE  H_NAME  CONNECTED_HEAVY_ATOM  CONNECTED_LIST
    :
```
- RES_NAME: 残基名
- H_PATTERN_NUM: 残基内の水素原子の結合パターン数 (この行の下に列挙するパターン数)
- H_NUM: この行で指定する水素原子結合パターンに属する水素原子数
- PATTERN_TYPE: (おそらく、水素結合様式？)
- H_NUM と PATTERN_TYPE の組み合わせ例は以下の通り。
  - 1 1: N-link N-H, C-terminal OH, aromatic CH
  - 1 2: Side-chain OH
  - 1 5: C-alpha CH
  - 2 3: NH₂
  - 2 6: Alkane
  - 3 4: N-terminal NH₃, SP³ CH₃
  - 参考サイト: Adding residues in GROMACS · UWPRG/GROMACS Wiki · GitHub
- H_NAME: 水素原子名 (ただし、Gromacs では NH₂ のような特定の重原子に複数結合した水素の場合、NH'1 や NH'2 などのように最後に番号が付くが、最後の番号は省略する)
- CONNECTED_HEAVY_ATOM: 水素原子が直接結合している重原子の原子名
- CONNECTED_LIST: CONNECTED_HEAVY_ATOM に結合している重原子の原子名リスト (ただし、リストの個数は現在不明)

例. dna.hdb

DA5	9
1	2	H5T	O5'	C5'	C4'	
2	6	H5'	C5'	O5'	C4'	
1	5	H4'	C4'	C5'	O4'	C3'	
1	5	H1'	C1'	O4'	N9	C2'	
1	1	H8	C8	N9	N7	
2	3	H6	N6	C6	C5	
1	1	H2	C2	N1	N3	
1	5	H3'	C3'	C4'	C2'	O3'	
2	6	H2'	C2'	C1'	C3'	
DA	8
2	6	H5'	C5'	O5'	C4'	
1	5	H4'	C4'	C5'	O4'	C3'	
1	5	H1'	C1'	O4'	N9	C2'	
1	1	H8	C8	N9	N7	
2	3	H6	N6	C6	C5	
1	1	H2	C2	N1	N3	
1	5	H3'	C3'	C4'	C2'	O3'	
2	6	H2'	C2'	C1'	C3'	
    :

hdb ファイル

概要

形式

無銘闇人の備忘録