arn ファイル
概要
- AMBER や PDB での原子名を Gromacs (.gro) 形式の原子名に変換するためのリスト
gmx pdb2gmxでは、このリストを基に .gro ファイルが生成される。
形式
- フォーマット
MOLECULE_TYPE1 ATOM_NAME_PDB1 PDB_NAME_GROMACS1 MOLECULE_TYPE2 ATOM_NAME_PDB2 PDB_NAME_GROMACS2 MOLECULE_TYPE3 ATOM_NAME_PDB3 PDB_NAME_GROMACS3 :MOLECULE_TYPE: 分子のタイプATOM_NAME_PDB: PDB や AMBER で用いられている原子名PDB_NAME_GROMACS: Gromacs で用いられている原子名
- 例.
dna.arn
DNA OP1 O1P DNA OP2 O2P DNA H2' H2'1 DNA H2'' H2'2 DNA H5' H5'1 DNA H5'' H5'2 DNA HO5' H5T DNA HO3' H3T