分子シミュレーション関連:gromacs [無銘闇人の備忘録]

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====== Gromacs ======
===== 概要 =====
  * フローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージ
  * 生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ

===== インストール =====
  * [[分子シミュレーション関連/環境構築/gromacs|インストール方法]]

===== 計算手順 =====
  * [[分子シミュレーション関連/Gromacs/Gromacs計算手順 (Ver.5)]]
  * [[分子シミュレーション関連/Gromacs/Gromacs 計算のためのTips]]
  * [[分子シミュレーション関連/Gromacs/AMBER と Gromacs ファイルの変換]]
  * [[分子シミュレーション関連/Gromacs/エラー対策]]

===== ファイルの仕様 =====
==== 力場 ====
  * [[分子シミュレーション関連/Gromacs/ファイルの仕様/rtp]]
  * [[分子シミュレーション関連/Gromacs/ファイルの仕様/arn]]
  * [[分子シミュレーション関連/Gromacs/ファイルの仕様/hdb]]
  * [[分子シミュレーション関連/Gromacs/ファイルの仕様/r2b]]


===== Tips =====
  * Ver. 5 の変更点
    * 各種コマンドが gmx のサブコマンドに変わった (これまでのコマンドの前に gmx が付くだけ)
    * 一部のコマンド (現サブコマンド) の名前が変わった
      * tpbconv -> convert-tpr
      * genbox -> solvate, insert molecule
      * g_bond -> distance
      * g_dist -> distance
      * g_sgangle -> ganglle

    * マニュアルにコマンドの使い方が載っていない (''gmx help'' あるいは ''gmx help __サブコマンド__'' でコマンドの使い方を見ることができる)
    * 参考サイト: [[http://www.hpc.co.jp/gromacs5.0_update.html | GROMACS 5.0の変更点 | HPCシステムズはすべての研究開発者に計算力を提供します。]]


===== 参考サイト =====
  * [[https://wiki.archlinuxjp.org/index.php/GROMACS#.E3.82.B7.E3.83.9F.E3.83.A5.E3.83.AC.E3.83.BC.E3.82.B7.E3.83.A7.E3.83.B3.E3.81.AE.E5.BB.B6.E9.95.B7 | GROMACS - ArchWiki]]

{{tag>Linux 分子シミュレーション アプリケーション}}