r2b ファイル
概要
- 残基名を末端用に変換するためのリスト
- PDB ファイルには末端残基名でない場合もあるため、このようなマッピングが必要になる。
形式
- フォーマット
RES_NAME RES_MAIN RES_N RES_C RES_2 :RES_NAME: 残基名RES_MAIN: 末端でない場合の残基名 (マッピングしない場合は-を記入)RES_N: N 末端の残基名 (核酸の場合は 5'-末端) (マッピングしない場合は-を記入)RES_C: C 末端の残基名 (核酸の場合は 3'-末端) (マッピングしない場合は-を記入)RES_2: 2-末端の残基名？ (現在不明; アミノ酸ではマッピングされておらず、核酸においてDAN,DGN,DCN,DTN,RAN,RGN,RCN,RTNがマッピングされている)
- 例.
aminoacids.r2b
; rtp residue to rtp building block table ;GMX Force-field ; main N-ter C-ter 2-ter ALA ALA NALA CALA - ARG ARG NARG CARG - ARGN - - - - ASN ASN NASN CASN - ASP ASP NASP CASP - ASPH ASH - - - CYS CYS NCYS CCYS - CYS2 CYX NCYX CCYX - GLN GLN NGLN CGLN - QLN - - - - GLU GLU NGLU CGLU - :