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hdb ファイル
概要
- 水素原子を付ける場所を指定するファイル
gmx pdb2gmx実行時に、このファイルが読み込まれ、水素原子が不足している部位に水素原子が付加される。gmx pdb2gmxの-ignhはこのファイルを読み込まない。
形式
- フォーマット
RES_NAME H_PATTERN_NUM H_NUM PATTERN_TYPE H_NAME CONNECTED_HEAVY_ATOM CONNECTED_LIST :RES_NAME: 残基名H_PATTERN_NUM: 残基内の水素原子の結合パターン数 (この行の下に列挙するパターン数)H_NUM: この行で指定する水素原子結合パターンに属する水素原子数PATTERN_TYPE: (おそらく、水素結合様式？)- 1: N-link N-H, C-terminal OH, aromatic CH
- 2: Side-chain OH
- 3: NH2
- 4: N-terminal NH3, SP3 CH3
- 5: C-alpha CH
- 6: Alkane
H_NAME: 水素原子名 (ただし、Gromacs では NH2 のような特定の重原子に複数結合した水素の場合、NH'1やNH'2などのように最後に番号が付くが、最後の番号は省略する)CONNECTED_HEAVY_ATOM: 水素原子が直接結合している重原子の原子名CONNECTED_LIST:CONNECTED_HEAVY_ATOMに結合している重原子の原子名リスト (ただし、リストの個数は現在不明)
- 例.
dna.hdb
DA5 9 1 2 H5T O5' C5' C4' 2 6 H5' C5' O5' C4' 1 5 H4' C4' C5' O4' C3' 1 5 H1' C1' O4' N9 C2' 1 1 H8 C8 N9 N7 2 3 H6 N6 C6 C5 1 1 H2 C2 N1 N3 1 5 H3' C3' C4' C2' O3' 2 6 H2' C2' C1' C3' DA 8 2 6 H5' C5' O5' C4' 1 5 H4' C4' C5' O4' C3' 1 5 H1' C1' O4' N9 C2' 1 1 H8 C8 N9 N7 2 3 H6 N6 C6 C5 1 1 H2 C2 N1 N3 1 5 H3' C3' C4' C2' O3' 2 6 H2' C2' C1' C3' :