分子シミュレーション関連:gromacs:ファイルの仕様:hdb [無銘闇人の備忘録]

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====== hdb ファイル ======
===== 概要 =====
  * 水素原子を付ける場所を指定するファイル
  * ''gmx pdb2gmx'' 実行時に、このファイルが読み込まれ、水素原子が不足している部位に水素原子が付加される。
  * ''gmx pdb2gmx'' の ''-ignh'' はこのファイルを読み込まない。

===== 形式 =====
  * フォーマット\\ <code>
RES_NAME  H_PATTERN_NUM
H_NUM  PATTERN_TYPE  H_NAME  CONNECTED_HEAVY_ATOM  CONNECTED_LIST
    :
</code>
    * ''RES_NAME'': 残基名
    * ''H_PATTERN_NUM'': 残基内の水素原子の結合パターン数 (この行の下に列挙するパターン数)
    * ''H_NUM'': この行で指定する水素原子結合パターンに属する水素原子数
    * ''PATTERN_TYPE'': (おそらく、水素結合様式？)
    * ''H_NUM'' と ''PATTERN_TYPE'' の組み合わせ例は以下の通り。
      * ''1  1'': N-link N-H, C-terminal OH, aromatic CH
      * ''1  2'': Side-chain OH
      * ''1  5'': C-alpha CH
      * ''2  3'': NH<sub>2</sub>
      * ''2  6'': Alkane
      * ''3  4'': N-terminal NH<sub>3</sub>, SP<sup>3</sup> CH<sub>3</sub>
      * 参考サイト: [[https://github.com/UWPRG/GROMACS/wiki/Adding-residues-in-GROMACS | Adding residues in GROMACS · UWPRG/GROMACS Wiki · GitHub]]
    * ''H_NAME'': 水素原子名 (ただし、Gromacs では NH<sub>2</sub> のような特定の重原子に複数結合した水素の場合、''NH'1'' や ''NH'2'' などのように最後に番号が付くが、最後の番号は省略する)
    * ''CONNECTED_HEAVY_ATOM'': 水素原子が直接結合している重原子の原子名
    * ''CONNECTED_LIST'': ''CONNECTED_HEAVY_ATOM'' に結合している重原子の原子名リスト (ただし、リストの個数は現在不明)
  * 例. ''dna.hdb''\\ <code>
DA5	9
1	2	H5T	O5'	C5'	C4'	
2	6	H5'	C5'	O5'	C4'	
1	5	H4'	C4'	C5'	O4'	C3'	
1	5	H1'	C1'	O4'	N9	C2'	
1	1	H8	C8	N9	N7	
2	3	H6	N6	C6	C5	
1	1	H2	C2	N1	N3	
1	5	H3'	C3'	C4'	C2'	O3'	
2	6	H2'	C2'	C1'	C3'	
DA	8
2	6	H5'	C5'	O5'	C4'	
1	5	H4'	C4'	C5'	O4'	C3'	
1	5	H1'	C1'	O4'	N9	C2'	
1	1	H8	C8	N9	N7	
2	3	H6	N6	C6	C5	
1	1	H2	C2	N1	N3	
1	5	H3'	C3'	C4'	C2'	O3'	
2	6	H2'	C2'	C1'	C3'	
    :
</code>