Discovery Studio Visualizer
概要
- 様々な計算ツールと連携できる分子ビューア
- ビューアだけなら無料 (それでも十分に多機能なのですが…)
入手方法
- 「 BIOVIA Discovery Studio を使用した創薬プロセスの改善」 から「製品ダウンロード」→「Free BIOVIA Software」→「request a free copy of Discovery Studio Visualizer and ActiveX Control」
- 必要事項を入力して「Submit」
- ダウンロードリンクが入ったメールが送られてくる
インストール方法
- LinuxMint19.2 + Discovery Studio Visualizer 2019 のインストール方法 (Ubuntu 18.04 も同じと思われる)
操作
| マウス操作 | サブキー | 機能 |
|---|---|---|
| クリック | 単数の原子を選択 | |
| Shift | 複数の原子を選択 | |
| ドラッグ | 単数及び複数の原子を囲んで選択 | |
| Shift,Ctrl | 単数及び複数の原子を囲んで追加選択 | |
| 右ドラッグ | 画面に垂直な軸で回転 | |
| Shift | 画面を中心に分子を回転 | |
| Ctrl | 座標を変えて分子を回転 (PDB などに保存すると座標が変わっている) | |
| 中ボタンドラッグ | 水平移動 | |
| Shift | 拡大縮小 | |
| Ctrl | 選択した原子(分子)を変形 | |
| スクロール | 拡大縮小 | |
- 上記の操作は、ビューツールバーで、矢印(選択モード)(下記画像)になっている場合
Tips
ライセンスエラー対策
- インストール先が
/opt/BIOVIA/DiscoveryStudioとする。
- ライセンスパックのインストールウィザードを起動する。
$ cd /opt/BIOVIA/DiscoveryStudio $ ls Logs Uninstaller bin buildinfo.txt etc lib lp_installer share $ cd lp_installer $ ./lp_setup_linux.sh
- ウィザードに従い、ライセンスパックをインストールする。
- 今回は、
/opt/BIOVIA/LicensePackにインストールした。
- csh をインストールする。
$ sudo apt install csh
- ライセンスを適用する。
$ cd /opt/BIOVIA/LicensePack/etc $ ./lp_config $ ./lp_echovars
- ライセンス場所の変更を適用する。
$ cd /opt/BIOVIA/DiscoveryStudio/bin $ ./config_lp_location /opt/BIOVIA/LicensePack
ZLIB_1.2.9 対策
/bin/DiscoveryStudioあるいはlib/DiscoveryStudio-bin実行時にlib/libz.so.1: version `ZLIB_1.2.9' not found (required by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpng16.so.16)というエラーが出た場合の対策
- zlib-1.2.9 をダウンロードする。
- コンパイル＆インストールする。
$ tar axvf zlib-1.2.9.tar.gz $ cd zlib-1.2.9/ $ ./configure $ make $ sudo make install
LD_LIBRARY_PATHに/usr/local/libのパスを追加する。