分子シミュレーション関連:discovery_studio_visualizer [無銘闇人の備忘録]

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====== Discovery Studio Visualizer ======
===== 概要 =====
  * 様々な計算ツールと連携できる分子ビューア
  * ビューアだけなら無料 (それでも十分に多機能なのですが…)

===== 入手方法 =====
  - 「[[http://accelrys.co.jp/products/discovery-studio/ | BIOVIA Discovery Studio を使用した創薬プロセスの改善]]」 から「製品ダウンロード」→「Free BIOVIA Software」→「request a free copy of Discovery Studio Visualizer and ActiveX Control」
  - 必要事項を入力して「Submit」
  - ダウンロードリンクが入ったメールが送られてくる

===== インストール方法 =====
  * [[分子シミュレーション関連/Discovery Studio/LinuxMint19.2 + Discovery Studio Visualizer 2019 のインストール方法|LinuxMint19.2 + Discovery Studio Visualizer 2019 のインストール方法]] (Ubuntu 18.04 も同じと思われる)
  * [[分子シミュレーション関連/Discovery Studio/LinuxMint20.3 + Discovery Studio Visualizer 2021 のインストール方法|LinuxMint20.3 + Discovery Studio Visualizer 2021 のインストール方法]]

===== 操作 =====
^  マウス操作  ^  サブキー  ^  機能  ^
|クリック| |単数の原子を選択|
|:::|Shift|複数の原子を選択|
|ドラッグ| |単数及び複数の原子を囲んで選択|
|:::|Shift,Ctrl|単数及び複数の原子を囲んで追加選択|
|右ドラッグ| |画面に垂直な軸で回転|
|:::|Shift|画面を中心に分子を回転|
|:::|Ctrl|座標を変えて分子を回転 (PDB などに保存すると座標が変わっている)|
|中ボタンドラッグ| |水平移動|
|:::|Shift|拡大縮小|
|:::|Ctrl|選択した原子(分子)を変形|
|スクロール||拡大縮小|

  * 上記の操作は、ビューツールバーで、矢印(選択モード)(下記画像)になっている場合\\ {{:分子シミュレーション関連:dsv_view.png?200|}}


===== Tips =====
==== ライセンスエラー対策 ====
  * インストール先が ''/opt/BIOVIA/DiscoveryStudio'' とする。
  - ライセンスパックのインストールウィザードを起動する。\\ <code bash>$ cd /opt/BIOVIA/DiscoveryStudio
$ ls
Logs  Uninstaller  bin  buildinfo.txt  etc  lib  lp_installer  share
$ cd lp_installer
$ ./lp_setup_linux.sh
</code>
  - ウィザードに従い、ライセンスパックをインストールする。
    * 今回は、''/opt/BIOVIA/LicensePack'' にインストールした。
  - csh をインストールする。\\ <code bash>$ sudo apt install csh</code>
  - ライセンスを適用する。\\ <code bash>$ cd /opt/BIOVIA/LicensePack/etc
$ ./lp_config
$ ./lp_echovars</code>
  - ライセンス場所の変更を適用する。\\ <code bash>$ cd /opt/BIOVIA/DiscoveryStudio/bin
$ ./config_lp_location /opt/BIOVIA/LicensePack</code>

  * 参考サイト: [[http://soumyabg.tumblr.com/post/10438449854/licensing-problem-in-discovery-studio-visualizer-on-ubun]]

==== ZLIB_1.2.9 対策 ====
  * ''/bin/DiscoveryStudio'' あるいは ''lib/DiscoveryStudio-bin'' 実行時に ''lib/libz.so.1: version `ZLIB_1.2.9' not found (required by /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpng16.so.16)'' というエラーが出た場合の対策
  - [[https://sourceforge.net/projects/libpng/files/zlib/1.2.9/zlib-1.2.9.tar.gz/download | zlib-1.2.9]] をダウンロードする。
  - コンパイル＆インストールする。\\ <code bash>$ tar axvf zlib-1.2.9.tar.gz
$ cd zlib-1.2.9/
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
</code>
  - ''LD_LIBRARY_PATH'' に ''/usr/local/lib'' のパスを追加する。
  * [[https://stackoverflow.com/questions/48306849/lib-x86-64-linux-gnu-libz-so-1-version-zlib-1-2-9-not-found | eclipse - /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1: version `ZLIB_1.2.9' not found - Stack Overflow]]


{{tag>分子シミュレーション アプリケーション}}