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AMBER
概要
- 分子動力学 (Molecular Dynamics; MD) 計算プログラム
- MD エンジンは、2 年に一度 (偶数年) リリースされるらしい。
- AMBER の入力ファイル作成や解析に必要なツール AmberTools は毎年リリースされるらしい。
- MD エンジンは有償
- もともと sander と呼ばれる実行プログラムが MD エンジンだったが、それより高速に計算できる PMEMD がリリースされた。
- PMEMD は、sander の一部機能を削り、高速化を重視しているらしい。
- とはいえ、普通に使う分にはあまり支障がないのだが…。
- 高速に計算する MD エンジン PMEMD は有償のままだが、sander は AmberTools に付属され、無償化している。
Ag++ : Mac OSにAmberTools 14をインストール
- AmberTools は無償