文書の表示以前のリビジョンバックリンク文書の先頭へ この文書は読取専用です。文書のソースを閲覧することは可能ですが、変更はできません。もし変更したい場合は管理者に連絡してください。 ====== 入力ファイル作成 ====== ===== 概要 ===== * 入力ファイルの作成には ''tleap''、あるいは ''xleap'' (GUI バージョン) を使う (ここでは tleap での操作を紹介する) * ここでは、hoge.pdb という構造ファイルから、Amber14SB 力場を指定した入力ファイルを作成する ===== 特殊な残基 (リガンドなど) を含まない系 ===== <code bash>$ tleap > source /opt/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.ff14SB > system = loadpdb hoge.pdb > check system > addions2 system K+ 0 > solvatebox system TIP3PBOX 20.0 > saveamberparm system hoge.prmtop hoge.inpcrd </code> * ''source'': パラメータファイル (力場) を読み込む * パラメータファイルは $AMBERHOME/dat/leap の prep、lib、parm、cmd に含まれている; cmd がパラメータセットなので、ここのファイルを読み込むと、複数のパラメータを一度に読み込んでくれる * tleap 実行時に -f オプションでパラメータファイルを指定すると、この source コマンドは不要 * 'loadpdb': PDB ファイルを読み込む * ここで指定した ''system'' は、変数名なので任意の文字列で OK。以降は構造を変数名で指定していく。 * ''check'': 構造やパラメータのチェック * 構造に問題があると、ここでエラーや warning が表示される (エラーが出た場合は、''quit'' で tleap を終了させて、構造やパラメータをチェックしなければならない) * ''WARNING: The unperturbed charge of the unit: x.xxx is not zero.''\\ 系の電荷が 0 でない場合に表示される (この後の addions2 で解決できるため、無視しても良い) * ''Warning: Close contact of DISTANCE angstroms between .R<RESIDUE1>.A<ATOM> and .R<RESIDUE2>.A<ATOM>''\\ 原子間の距離が近すぎる場合に表示される (この後の最適化で解決できるため、無視しても良い) * ''addions2'': イオンを系に追加する * 第1引数: 系を指定する変数 * 第2引数: 追加するイオン * 第3引数: イオンの個数 (0 を指定すると、電荷が 0 になるようにイオンが追加される) * 第4引数: 追加する別のイオン * 第5引数: 追加する別のイオンの個数 (0 を指定すると、電荷が 0 になるようにイオンが追加される) * ''solvatebox'': 水分子を追加する (この他に solvateshell や solvateoct などのコマンドも存在する) * 第1引数: 系を指定する変数 * 第2引数: 水分子のモデルの指定 (''TIP3PBOX'' は TIP3P の水分子モデルを指定している) * 第3引数: 溶質からの水分子の厚さ(Å) (ここでは、溶質から 20 Å を指定している) * ''saveamberparm'': 入力ファイルを保存する * 第1引数: 系を指定する変数 * 第2引数: パラメータファイル (MD計算で使う) * 第3引数: 構造ファイル (MD計算で使う) ===== リガンド (通常の力場に含まれない低分子) を含む系 ===== <note warning>書きかけ</note> ===== 特殊残基 (通常の力場に含まれない残基が結合している) を含む系 ===== <note warning>書きかけ</note> ===== 周期境界ボックスのサイズを指定する場合 (溶液のイオン濃度を指定する場合) ===== - 中心座標の取得\\ <code bash>$ tleap > source /opt/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.ff14SB > system = loadpdb hoge.pdb > check system > center system > quit </code> * ''center'' コマンドで表示された座標をコピーしておく (コンマで区切った値であることに注意) - 入力ファイルの作成\\ <code bash>$ tleap > source /opt/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.ff14SB > system = loadpdb hoge.pdb > set system box {X Y Z} > translate system {コピーした座標にそれぞれ -1 をかけた座標} > addions2 system K+ 0 > solvatebox system TIP3PBOX 0.1 > saveamberparm system hoge.prmtop hoge.inpcrd </code> * ''set ... box'': 周期境界ボックスのサイズを設定 (スペースで区切った値であることに注意) * ''translate ...'': 系の座標のシフト (コンマで区切った値であることに注意) * ''set ... box'' は原点 (0,0,0) を中心に展開するので、系の中心を原点にするため、各座標の値に -1 をかけたものを指定する * ''solvatebox ...'': ここで指定された厚さは指定したボックスからの距離となるので、0.1 などの小さい厚さを設定しておく * 参考サイト: [[http://blog.livedoor.jp/ag_plusplus/archives/68386641.html | Ag++ : AmberToolsのLEaPで任意のサイズの周期境界ボックスに蛋白質を配置する方法]] {{tag>Linux 分子シミュレーション アプリケーション}} 分子シミュレーション関連/amber/入力ファイルの作成.txt 最終更新: 2016/09/09 11:55by mumeiyamibito