目次

Gromacs

Gromacs

概要

フローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージ
生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ

インストール

インストール方法

計算手順

ファイルの仕様

力場

Tips

Ver. 5 の変更点
- 各種コマンドが gmx のサブコマンドに変わった (これまでのコマンドの前に gmx が付くだけ)
- 一部のコマンド (現サブコマンド) の名前が変わった
  - tpbconv → convert-tpr
  - genbox → solvate, insert molecule
  - g_bond → distance
  - g_dist → distance
  - g_sgangle → ganglle

マニュアルにコマンドの使い方が載っていない (gmx help あるいは gmx help サブコマンド でコマンドの使い方を見ることができる)
参考サイト: GROMACS 5.0の変更点 | HPCシステムズはすべての研究開発者に計算力を提供します。

参考サイト

GROMACS - ArchWiki

Linux, 分子シミュレーション, アプリケーション