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| 分子シミュレーション関連:amber [2016/06/01 20:44] – 作成 mumeiyamibito | 分子シミュレーション関連:amber [2018/02/05 10:00] (現在) – [内容] mumeiyamibito | ||
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| ====== AMBER ====== | ====== AMBER ====== | ||
| + | ===== 概要 ===== | ||
| + | * 分子動力学 (Molecular Dynamics; MD) 計算プログラム | ||
| + | * MD エンジンは、2 年に一度 (偶数年) リリースされるらしい。 | ||
| + | * AMBER の入力ファイル作成や解析に必要なツール AmberTools は毎年リリースされるらしい。 | ||
| + | * MD エンジンは有償 | ||
| + | * もともと sander と呼ばれる実行プログラムが MD エンジンだったが、それより高速に計算できる PMEMD がリリースされた。 | ||
| + | * PMEMD は、sander の一部機能を削り、高速化を重視しているらしい。 | ||
| + | * とはいえ、普通に使う分にはあまり支障がないのだが…。 | ||
| + | * 高速に計算する MD エンジン PMEMD は有償のままだが、sander は AmberTools に付属され、無償化している。\\ [[http:// | ||
| + | * AmberTools は無償 | ||
| + | ===== 内容 ===== | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
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