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| 分子シミュレーション関連:gromacs:ファイルの仕様:hdb [2019/02/06 12:34] – mumeiyamibito | 分子シミュレーション関連:gromacs:ファイルの仕様:hdb [2019/02/06 13:31] (現在) – mumeiyamibito |
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| ===== 形式 ===== | ===== 形式 ===== |
| * フォーマット\\ <code> | * フォーマット\\ <code> |
| RESIDUE_NAME HYDROGEN_PATTERN_NUMBER | RES_NAME H_PATTERN_NUM |
| HYDROGEN_NUMBER PATTERN_TYPE HYDROGEN_NAME CONNECTED_HEAVY_ATOM CONNECTED_LIST | H_NUM PATTERN_TYPE H_NAME CONNECTED_HEAVY_ATOM CONNECTED_LIST |
| : | : |
| </code> | </code> |
| * ''RESIDUE_NAME'': 残基名 | * ''RES_NAME'': 残基名 |
| * ''HYDROGEN_PATTERN_NUMBER'': 残基内の水素原子の結合パターン数 (この行の下に列挙するパターン数) | * ''H_PATTERN_NUM'': 残基内の水素原子の結合パターン数 (この行の下に列挙するパターン数) |
| * ''HYDROGEN_NUMBER'': この行で指定する水素原子結合パターンに属する水素原子数 | * ''H_NUM'': この行で指定する水素原子結合パターンに属する水素原子数 |
| * ''PATTERN TYPE'': (おそらく、水素結合様式？) | * ''PATTERN_TYPE'': (おそらく、水素結合様式？) |
| * 1: N-link N-H, C-terminal OH, aromatic CH | * ''H_NUM'' と ''PATTERN_TYPE'' の組み合わせ例は以下の通り。 |
| * 2: Side-chain OH | * ''1 1'': N-link N-H, C-terminal OH, aromatic CH |
| * 3: NH<sub>2</sub> | * ''1 2'': Side-chain OH |
| * 4: N-terminal NH<sub>3</sub>, SP<sup>3</sup> CH<sub>3</sub> | * ''1 5'': C-alpha CH |
| * 5: C-alpha CH | * ''2 3'': NH<sub>2</sub> |
| * 6: Alkane | * ''2 6'': Alkane |
| | * ''3 4'': N-terminal NH<sub>3</sub>, SP<sup>3</sup> CH<sub>3</sub> |
| * 参考サイト: [[https://github.com/UWPRG/GROMACS/wiki/Adding-residues-in-GROMACS | Adding residues in GROMACS · UWPRG/GROMACS Wiki · GitHub]] | * 参考サイト: [[https://github.com/UWPRG/GROMACS/wiki/Adding-residues-in-GROMACS | Adding residues in GROMACS · UWPRG/GROMACS Wiki · GitHub]] |
| * ''HYDROGEN_NAME'': 水素原子名 (ただし、Gromacs では NH<sub>2</sub> のような特定の重原子に複数結合した水素の場合、NH'1 や NH'2 などのように最後に番号が付くが、最後の番号は省略する) | * ''H_NAME'': 水素原子名 (ただし、Gromacs では NH<sub>2</sub> のような特定の重原子に複数結合した水素の場合、''NH'1'' や ''NH'2'' などのように最後に番号が付くが、最後の番号は省略する) |
| * ''CONNECTED_HEAVY_ATOM'': 水素原子が直接結合している重原子の原子名 | * ''CONNECTED_HEAVY_ATOM'': 水素原子が直接結合している重原子の原子名 |
| * ''CONNECTED_LIST'': ''CONNECTED_HEAVY_ATOM'' に結合している重原子の原子名リスト (ただし、リストの個数は現在不明) | * ''CONNECTED_LIST'': ''CONNECTED_HEAVY_ATOM'' に結合している重原子の原子名リスト (ただし、リストの個数は現在不明) |