分子シミュレーション関連:amber:解析方法

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分子シミュレーション関連:amber:解析方法 [2022/02/08 11:38] mumeiyamibito分子シミュレーション関連:amber:解析方法 [2022/08/18 13:48] (現在) mumeiyamibito
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 ===== RMSD 解析 ===== ===== RMSD 解析 =====
   * 指定された対象の RMSD の経時変化を解析する。   * 指定された対象の RMSD の経時変化を解析する。
-  * $RMSD = \frac {1} {N} \sqrt{\sum_{i = 1}^{N} (a_i - b_i)^2}$+  * $RMSD = \sqrt{\frac {\sum_{i = 1}^{N} (a_i - b_i)^2}{N}}$
   * ''cpptraj'' に同梱のパッケージで解析ができる。   * ''cpptraj'' に同梱のパッケージで解析ができる。
   * パラメータファイル (''test.prmtop'') と座標ファイル (''test.inpcrd'' / ''*.nc'' / ''*.mdcrd'') が必要   * パラメータファイル (''test.prmtop'') と座標ファイル (''test.inpcrd'' / ''*.nc'' / ''*.mdcrd'') が必要
  • 分子シミュレーション関連/amber/解析方法.1644287906.txt.gz
  • 最終更新: 2022/02/08 11:38
  • by mumeiyamibito