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Gromacs
概要
- フローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージ
- 生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ
インストール
簡単な方法
$ sudo apt-get install gromacs gromacs-data gromacs-mpich gromacs-openmpi
- ただし、バージョンが Ubuntu のリポジトリで固定されてしまうため、最新版を扱いたい場合は、Gromacs 5.1.2 インストール方法 (Ubuntu 14.04) を参照
手動インストール
- 環境: Ubuntu 16.04 (64 bit)
Openmpi のインストール
- 公式サイトからパッケージを入手する。
- ここでは、
openmpi-4.0.0.tar.gzを例にする。
- 展開する。
$ tar axvf openmpi-4.0.0.tar.gz $ cd openmpi-4.0.0
- 設定する。
- CPU 用
$ ./configure --prefix=/usr/local --enable-static --with-slurm CC=gcc CXX=g++ F77=gfortran FC=gfortran
- GPU 用
$ ./configure --prefix=/usr/local --enable-static --with-slurm CC=gcc CXX=g++ F77=gfortran FC=gfortran --with-cuda
- コンパイルする。
$ make -j 4
- インストールする。
$ sudo make install
fftw のインストール
- 公式サイトからパッケージをダウンロードする。
- ここでは、
fftw-3.3.8.tar.gzを例にする。
- 展開する。