分子シミュレーション関連:環境構築:gromacs

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分子シミュレーション関連:環境構築:gromacs [2019/03/04 10:38] – [簡単な方法] mumeiyamibito分子シミュレーション関連:環境構築:gromacs [2019/03/20 12:17] (現在) – mumeiyamibito
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 ===== インストール ===== ===== インストール =====
 ==== 簡単な方法 ==== ==== 簡単な方法 ====
-  * <code bash>$ sudo apt-get install gromacs gromacs-data gromacs-mpich gromacs-openmpi</code>+<code bash>$ sudo apt-get install gromacs gromacs-data gromacs-mpich gromacs-openmpi</code> 
   * ただし、バージョンが Ubuntu のリポジトリで固定されてしまうため、最新版を扱いたい場合は、以下を参照。   * ただし、バージョンが Ubuntu のリポジトリで固定されてしまうため、最新版を扱いたい場合は、以下を参照。
  
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 </code> </code>
     * 上記に加え、条件に合わせて以下のオプションを追加する (よって、展開後にディレクトリをコピーするなどして、コンパイルするディレクトリをそれぞれ作成すると良い)。     * 上記に加え、条件に合わせて以下のオプションを追加する (よって、展開後にディレクトリをコピーするなどして、コンパイルするディレクトリをそれぞれ作成すると良い)。
-    * single 版の場合、''--enable-single''+    * single 版の場合、''%%--enable-single%%''
     * double 版の場合、なし     * double 版の場合、なし
-    * single + MPI 版の場合、''--enable-single --enable-mpi'' +    * single + MPI 版の場合、''%%--enable-single --enable-mpi%%'' 
-    * double + MPI 版の場合、''--enable-mpi''+    * double + MPI 版の場合、''%%--enable-mpi%%''
     * GPU 版の Gromacs は、fftw の single を使う。     * GPU 版の Gromacs は、fftw の single を使う。
-    * 今回は、インストール先を ''--prefix=/usr/local/fftw_single'' とした。+    * 今回は、インストール先を ''%%--prefix=/usr/local/fftw_single%%'' とした。
   - コンパイルする。<code bash>$ make -j 4</code>   - コンパイルする。<code bash>$ make -j 4</code>
   - インストールする。<code bash>$ sudo make install</code>   - インストールする。<code bash>$ sudo make install</code>
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 $ export LD_FLAGS="-L/usr/local/fftw_single/lib" $ export LD_FLAGS="-L/usr/local/fftw_single/lib"
 $ export CPP_FLAGS="-I/usr/local/fftw_single/include" $ export CPP_FLAGS="-I/usr/local/fftw_single/include"
-$ exporty LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/fftw_single/lib:$LD_LIBRARY_PATH+$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/fftw_single/lib:$LD_LIBRARY_PATH
 $ sudo ldconfig $ sudo ldconfig
 $ cmake ../ \ $ cmake ../ \
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     -DGMX_DOUBLE=OFF     -DGMX_DOUBLE=OFF
 </code> </code>
-    *  の single  
     * 上記オプションは、条件によって変わるので適宜変更する (環境変数 ''LD_FLAGS''、''CPP_FLAGS''、''LD_LIBRARY_PATH'' の FFTW の参照先は末尾の括弧にて表示)。     * 上記オプションは、条件によって変わるので適宜変更する (環境変数 ''LD_FLAGS''、''CPP_FLAGS''、''LD_LIBRARY_PATH'' の FFTW の参照先は末尾の括弧にて表示)。
       * single 版: ''-DGMX_MPI=OFF -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_GPU=OFF'' (single)       * single 版: ''-DGMX_MPI=OFF -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_GPU=OFF'' (single)
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       * GPU 版: ''-DGMX_MPI=OFF -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_GPU=ON'' (single)       * GPU 版: ''-DGMX_MPI=OFF -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_GPU=ON'' (single)
     * それぞれの実行ファイル名の末尾は ''-DGMX_BINARY_SUFFIX''、''-DGMX_LIBS_SUFFIX'' で指定する。     * それぞれの実行ファイル名の末尾は ''-DGMX_BINARY_SUFFIX''、''-DGMX_LIBS_SUFFIX'' で指定する。
-      * 例: double 版: ''-DGMX_BINARY_SUFFIX="_d"''、''-DGMX_LIBS_SUFFIX="_d"''　→ gmx_d +      * 例: double 版: ''%%-DGMX_BINARY_SUFFIX="_d"%%''、''%%-DGMX_LIBS_SUFFIX="_d"%%''　→ gmx_d 
-      * 例: double + MPI 版: ''-DGMX_BINARY_SUFFIX="_d_mpi"''、''-DGMX_LIBS_SUFFIX="_d_mpi"''　→ gmx_d_mpi+      * 例: double + MPI 版: ''%%-DGMX_BINARY_SUFFIX="_d_mpi"%%''、''%%-DGMX_LIBS_SUFFIX="_d_mpi"%%''　→ gmx_d_mpi
   - コンパイルする。<code bash>$ make -j 4</code>   - コンパイルする。<code bash>$ make -j 4</code>
   - インストールする。<code bash>$ sudo make install</code>   - インストールする。<code bash>$ sudo make install</code>
  
 +===== トラブルシューティング =====
 +  * Gromacs コンパイル時に、''nvcc fatal   : Unsupported gpu architecture 'compute_20''' が出てコンパイルできない。
 +    * 問題: コンパイル時に指定している CUDA のバージョンでは ''compute_20'' というアーキテクチャをサポートしなくなったため。
 +    * 解決策 1: CUDA のバージョンを変える (8.0 RC だと、ワーニング程度で済む) 。
 +    * 解決策 2: 下記参考サイトのように ''gromacs-5.1.2/cmake/gmxManageNvccConfig.cmake'' の if 文を書き換える。
 +      * 参考サイト: [[https://stackoverflow.com/questions/47129220/nvcc-fatal-unsupported-gpu-architecture-compute-20-while-cuda9-0-is-installe | c++ - nvcc fatal : Unsupported gpu architecture 'compute_20' while cuda9.0 is installed - Stack Overflow]]
  
 ===== 参考サイト ===== ===== 参考サイト =====
  • 分子シミュレーション関連/環境構築/gromacs.1551663480.txt.gz
  • 最終更新: 2019/03/04 10:38
  • by mumeiyamibito