目次

AMBER
- 概要
- 内容

AMBER

概要

分子動力学 (Molecular Dynamics; MD) 計算プログラム
MD エンジンは、2 年に一度 (偶数年) リリースされるらしい。
AMBER の入力ファイル作成や解析に必要なツール AmberTools は毎年リリースされるらしい。
MD エンジンは有償
- もともと sander と呼ばれる実行プログラムが MD エンジンだったが、それより高速に計算できる PMEMD がリリースされた。
  - PMEMD は、sander の一部機能を削り、高速化を重視しているらしい。
  - とはいえ、普通に使う分にはあまり支障がないのだが…。
- 高速に計算する MD エンジン PMEMD は有償のままだが、sander は AmberTools に付属され、無償化している。
  Ag++ : Mac OSにAmberTools 14をインストール
AmberTools は無償

内容

Linux, 分子シミュレーション, アプリケーション