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| 分子シミュレーション関連:vmd [2021/03/12 02:15] – mumeiyamibito | 分子シミュレーション関連:vmd [2023/09/27 13:42] (現在) – [分子の表示の変更] mumeiyamibito |
|---|
| * ''resname X'': ''X'' という残基名をもつ残基 | * ''resname X'': ''X'' という残基名をもつ残基 |
| * ''resid N'': ''N'' 番目の残基 (1 から始まる番号) | * ''resid N'': ''N'' 番目の残基 (1 から始まる番号) |
| | * ''name "H.*"'': 水素原子 (ダブルクォーテーションで囲まれた内部は正規表現での指定が可能) |
| * 論理演算子 | * 論理演算子 |
| * ''and'': 条件を AND でつなぐ | * ''and'': 条件を AND でつなぐ |
| * 距離指定 | * 距離指定 |
| * ''within D of TARGET'': ''TARGET'' に指定した条件の原子を指定し、そこから ''D'' Å 以内に存在する原子 | * ''within D of TARGET'': ''TARGET'' に指定した条件の原子を指定し、そこから ''D'' Å 以内に存在する原子 |
| | * ''same fragment as (within D of TARGET)'': ''TARGET'' に指定した条件の原子を指定し、そこから ''D'' Å 以内に存在する残基 |
| * 参考サイト | * 参考サイト |
| * [[https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node89.html | Selection Methods]] | * [[https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node89.html | Selection Methods]] |
| * [[https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node97.html | Other selections]] | * [[https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node97.html | Other selections]] |
| | * [[https://biochem-fan.hatenablog.com/entry/20140317/1395076228 | PyMOL と VMD の selection syntax まとめ - biochem_fanのブログ]] |
| - 条件を入力したら、Enter を押して確定する。 | - 条件を入力したら、Enter を押して確定する。 |
| - ''Draw style'' タブで、''Coloring Method'' と ''Drawing Method''、''Material'' を指定する。 | - ''Draw style'' タブで、''Coloring Method'' と ''Drawing Method''、''Material'' を指定する。 |