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| 分子シミュレーション関連:vmd [2019/03/08 15:07] – [回転の中心設定] mumeiyamibito | 分子シミュレーション関連:vmd [2023/09/27 13:42] (現在) – [分子の表示の変更] mumeiyamibito |
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| ===== 操作 ===== | ===== 操作 ===== |
| ==== ショートカットキー ==== | ==== ショートカットキー ==== |
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| ^ キー ^ 挙動 ^ 備考 ^ | ^ キー ^ 挙動 ^ 備考 ^ |
| |r|回転(rotate)モードに変更|マウスのドラッグで分子を3次元的に回転させる| | |r|回転(rotate)モードに変更|マウスのドラッグで分子を3次元的に回転させる| |
| |c|回転の中央に設定する|原子をクリックすると、回転モード時にその原子がある座標を中心に回転させる (原子が移動しても原子を追跡するわけではない)| | |c|回転の中央に設定する|原子をクリックすると、回転モード時にその原子がある座標を中心に回転させる (原子が移動しても原子を追跡するわけではない)| |
| |p|pickモードに変更|コンソール画面にクリックした原子の情報を表示する| | |p|pickモードに変更|コンソール画面にクリックした原子の情報を表示する| |
| | |. or >|アニメーションの再生|| |
| | |, or <|アニメーションの逆再生|| |
| | |/ or ?|アニメーションの停止|| |
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| * 起動時は、回転モード + pick モードになっている | * 起動時は、回転モードになっている |
| * 参考サイト: [[http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.7.1/ug/node30.html]] | * 参考サイト: [[https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.7.1/ug/node30.html | Hot Keys]] |
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| ==== 内部コマンド ==== | ==== 内部コマンド ==== |
| * ''resname X'': ''X'' という残基名をもつ残基 | * ''resname X'': ''X'' という残基名をもつ残基 |
| * ''resid N'': ''N'' 番目の残基 (1 から始まる番号) | * ''resid N'': ''N'' 番目の残基 (1 から始まる番号) |
| | * ''name "H.*"'': 水素原子 (ダブルクォーテーションで囲まれた内部は正規表現での指定が可能) |
| * 論理演算子 | * 論理演算子 |
| * ''and'': 条件を AND でつなぐ | * ''and'': 条件を AND でつなぐ |
| * 距離指定 | * 距離指定 |
| * ''within D of TARGET'': ''TARGET'' に指定した条件の原子を指定し、そこから ''D'' Å 以内に存在する原子 | * ''within D of TARGET'': ''TARGET'' に指定した条件の原子を指定し、そこから ''D'' Å 以内に存在する原子 |
| | * ''same fragment as (within D of TARGET)'': ''TARGET'' に指定した条件の原子を指定し、そこから ''D'' Å 以内に存在する残基 |
| * 参考サイト | * 参考サイト |
| * [[https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node89.html | Selection Methods]] | * [[https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node89.html | Selection Methods]] |
| * [[https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node97.html | Other selections]] | * [[https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node97.html | Other selections]] |
| | * [[https://biochem-fan.hatenablog.com/entry/20140317/1395076228 | PyMOL と VMD の selection syntax まとめ - biochem_fanのブログ]] |
| - 条件を入力したら、Enter を押して確定する。 | - 条件を入力したら、Enter を押して確定する。 |
| - ''Draw style'' タブで、''Coloring Method'' と ''Drawing Method''、''Material'' を指定する。 | - ''Draw style'' タブで、''Coloring Method'' と ''Drawing Method''、''Material'' を指定する。 |
| * ちなみに r が回転モード、t が平行移動モード\\ [[http://www.life.umd.edu/biology/sukharevlab/download/vmd_scripts/vmd_enhanced_startup_file.htm]] | * ちなみに r が回転モード、t が平行移動モード\\ [[http://www.life.umd.edu/biology/sukharevlab/download/vmd_scripts/vmd_enhanced_startup_file.htm]] |
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| ==== 一時的に特定条件の原子を消す ==== | ==== 一時的に特定条件の原子を消す (スタイルを無効化する) ==== |
| * ''Graphics'' -> ''Graphical Representations'' で表示した ''Graphical Representations'' で ''Style Color Selection'' 内のスタイルをダブルクリックして赤字にする。 | * ''Graphics'' -> ''Graphical Representations'' で表示した ''Graphical Representations'' で ''Style Color Selection'' 内のスタイルをダブルクリックして赤字にする。 |
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| * ''-c:a オーディオコーデック'' | * ''-c:a オーディオコーデック'' |
| * ''-vf crop=W:H:X:Y'' (不要な部分をカット (トリミング) するために使う; W: width, H: height) | * ''-vf crop=W:H:X:Y'' (不要な部分をカット (トリミング) するために使う; W: width, H: height) |
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| | ==== 背景色を透明にした画像を作成する ==== |
| | - POV-Ray をインストールする。<code bash>$ sudo apt install povray</code> |
| | - VMD で画像にしたい状態にする。 |
| | - ''File'' → ''Render..'' を選択する。 |
| | - File Render Controls ウィンドウ内の設定を以下の値にする。 |
| | * ''Render the current scene using'': ''POV-Ray 3.6'' |
| | * ''Filename'': 画像パス |
| | * ''Render Command'': ''/usr/bin/povray +W%w +H%h -I%s -O%s.png +D +X +A +FN +UA'' |
| | - ''Start Rendering'' ボタンをクリックする。 |
| | * 参考サイト: [[https://www.youtube.com/watch?v=KF7u8vlvzJI | How to create figures for publication using VMD /transparent background/ - YouTube]] |
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| ==== インストールしても動かせない ==== | ==== インストールしても動かせない ==== |