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| 分子シミュレーション関連:vmd [2017/12/13 16:41] – [奥に行くと暗くなる] mumeiyamibito | 分子シミュレーション関連:vmd [2023/09/27 13:42] (現在) – [分子の表示の変更] mumeiyamibito |
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| ===== 操作 ===== | ===== 操作 ===== |
| ==== ショートカットキー ==== | ==== ショートカットキー ==== |
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| ^ キー ^ 挙動 ^ 備考 ^ | ^ キー ^ 挙動 ^ 備考 ^ |
| |r|回転(rotate)モードに変更|マウスのドラッグで分子を3次元的に回転させる| | |r|回転(rotate)モードに変更|マウスのドラッグで分子を3次元的に回転させる| |
| |c|回転の中央に設定する|原子をクリックすると、回転モード時にその原子がある座標を中心に回転させる (原子が移動しても原子を追跡するわけではない)| | |c|回転の中央に設定する|原子をクリックすると、回転モード時にその原子がある座標を中心に回転させる (原子が移動しても原子を追跡するわけではない)| |
| |p|pickモードに変更|コンソール画面にクリックした原子の情報を表示する| | |p|pickモードに変更|コンソール画面にクリックした原子の情報を表示する| |
| | |. or >|アニメーションの再生|| |
| | |, or <|アニメーションの逆再生|| |
| | |/ or ?|アニメーションの停止|| |
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| * 起動時は、回転モード + pick モードになっている | * 起動時は、回転モードになっている |
| * 参考サイト: [[http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.7.1/ug/node30.html]] | * 参考サイト: [[https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.7.1/ug/node30.html | Hot Keys]] |
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| ==== 内部コマンド ==== | ==== 内部コマンド ==== |
| ^ コマンド ^ 挙動 ^ 例 ^ | ^ コマンド ^ 挙動 ^ 例 ^ |
| |mol new <mol>|分子ファイル <mol> を読み込む|mol new foo.nc| | |mol new MOL|座標ファイル MOL を読み込む|mol new foo.nc| |
| |mol addfile <mol>|直前のファイルに対し、分子のトポロジー <mol> などを読み込む|mol addfile foo.prmtop| | |mol new MOL first FRAME1 last FRAME2|座標ファイル MOL から FRAME1〜FRAME2 を読み込む|mol new foo.nc first 50 last 100| |
| |play <vmd>|状態ファイル <vmd> を読み込む|play foo.vmd| | |mol addfile TOPOL|直前のファイルに対し、分子のトポロジー TOPOL を読み込む|mol addfile foo.prmtop| |
| |save_state <vmd>|状態ファイル <vmd> を保存する|save_state foo.vmd| | |play VMD|状態ファイル VMD を読み込む|play foo.vmd| |
| |color Display Background <color>|背景色を変更する|color Display Background white| | |save_state VMD|状態ファイル VMD を保存する|save_state foo.vmd| |
| | |color Display Background COLOR|背景色を変更する|color Display Background white| |
| |pbc box [-color black -width 1]|セルを表示する|| | |pbc box [-color black -width 1]|セルを表示する|| |
| |quit|VMD を終了する|| | |quit|VMD を終了する|| |
| * [[https://rchang90.wordpress.com/2011/09/23/how-to-draw-a-simulation-box-in-vmd/]] | * [[https://rchang90.wordpress.com/2011/09/23/how-to-draw-a-simulation-box-in-vmd/]] |
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| | ==== 分子の表示の変更 ==== |
| | - ''Graphics'' -> ''Representaions...'' で ''Graphic Representations'' ウィンドウを起動する。 |
| | - 新たに描画対象を指定する場合は、''Create Rep'' ボタンをクリックする (編集する場合はスキップする)。 |
| | - ''Style Color Selection'' と書かれた項目から編集対象のスタイルを選択する。 |
| | - ''Selected Atoms'' の下の欄に、対象とする原子・分子を指定する (下のタブの ''Selections'' 内の項目をダブルクリックしていくだけでも何とかなるかも)。 |
| | * よく使う selection: |
| | * 一般名: |
| | * ''protein'': 一般的なアミノ酸 |
| | * ''nucleic'': 一般的な核酸 |
| | * ''water'': 水分子 |
| | * 特定の条件を指定: |
| | * ''name X'': ''X'' という原子名 (元素名でない) を持つ原子 |
| | * ''resname X'': ''X'' という残基名をもつ残基 |
| | * ''resid N'': ''N'' 番目の残基 (1 から始まる番号) |
| | * ''name "H.*"'': 水素原子 (ダブルクォーテーションで囲まれた内部は正規表現での指定が可能) |
| | * 論理演算子 |
| | * ''and'': 条件を AND でつなぐ |
| | * ''or'': 条件を OR でつなぐ |
| | * ''not'': 条件を否定する |
| | * 距離指定 |
| | * ''within D of TARGET'': ''TARGET'' に指定した条件の原子を指定し、そこから ''D'' Å 以内に存在する原子 |
| | * ''same fragment as (within D of TARGET)'': ''TARGET'' に指定した条件の原子を指定し、そこから ''D'' Å 以内に存在する残基 |
| | * 参考サイト |
| | * [[https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node89.html | Selection Methods]] |
| | * [[https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node97.html | Other selections]] |
| | * [[https://biochem-fan.hatenablog.com/entry/20140317/1395076228 | PyMOL と VMD の selection syntax まとめ - biochem_fanのブログ]] |
| | - 条件を入力したら、Enter を押して確定する。 |
| | - ''Draw style'' タブで、''Coloring Method'' と ''Drawing Method''、''Material'' を指定する。 |
| | * よく使うスタイル (''Coloring Method'') |
| | * ''Name'': 原子ごとに定義された色 |
| | * ''ColorID'': 任意の色 |
| | * よく使うスタイル (''Drawing Method'') |
| | * ''Lines'': ワイヤー表示 |
| | * ''Hbonds'': 水素結合表示 |
| | * ''VDW'': ファンデルワールス半径を考慮した球のつながり表示 |
| | * ''CPK'': Ball&Stick モデル |
| | * ''Licorice'': スティック表示 |
| | * ''NewRibbons'': タンパク質やアミノ酸の骨格を滑らかなチューブで表示したり、塩基に面を張ったりする表示 (厚め) |
| | * ''Ribbons'': ''NewRibbons'' に似ているが、ペラペラのチューブで表示 |
| | * ''Surf'': ファンデルワールス半径を考慮した滑らかな面で表示 (ただし、面の演算に時間がかかるのでトラジェクトリ (動画) 表示をすると高コスト) |
| | * ''QuickSurf'': ''Surf'' の簡易版 |
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| ===== Tips ===== | ===== Tips ===== |
| ==== ==== | ==== 周期境界ボックスを表示する ==== |
| <code>>pbc box -color black -width 1</code> | * シンプルなコマンド<code>> pbc box -on</code> |
| | * 消したい場合は ''-on'' を ''-off'' にする。 |
| | * オプションをフルに設定する<code>> pbc box -color black -width 1</code> |
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| ==== 奥に行くと暗くなる ==== | ==== 奥の原子・分子が暗い or 霧がかかる ==== |
| * ''Display'' -> ''Depth Cueing'' を OFF にする\\ [[http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/12103.html]] | * ''Display'' -> ''Depth Cueing'' を OFF にする\\ [[http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/12103.html]] |
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| * ちなみに r が回転モード、t が平行移動モード\\ [[http://www.life.umd.edu/biology/sukharevlab/download/vmd_scripts/vmd_enhanced_startup_file.htm]] | * ちなみに r が回転モード、t が平行移動モード\\ [[http://www.life.umd.edu/biology/sukharevlab/download/vmd_scripts/vmd_enhanced_startup_file.htm]] |
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| | ==== 一時的に特定条件の原子を消す (スタイルを無効化する) ==== |
| | * ''Graphics'' -> ''Graphical Representations'' で表示した ''Graphical Representations'' で ''Style Color Selection'' 内のスタイルをダブルクリックして赤字にする。 |
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| ==== カウンターイオンの表示 (representations) 方法 ==== | ==== カウンターイオンの表示 (representations) 方法 ==== |
| * 距離をプロットする場合は、Graphics -> Labels... から、Bonds を選択して、Graph タブの Graph... をクリックする | * 距離をプロットする場合は、Graphics -> Labels... から、Bonds を選択して、Graph タブの Graph... をクリックする |
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| ==== ppt で再生できる動画作成方法 ==== | ==== 断面図の作成 ==== |
| | - 座標及びトポロジーファイルを読み込んで分子を表示する。 |
| | - ''Extensions'' -> ''Visualization'' ''Clipping Plane Tool'' を選択する。 |
| | - 断面の切断面を側面から見る位置に分子を回転させる。 |
| | - その位置で、起動した ''Clip Tool'' の ''Settings'' 内の 2 項目 (''Normal follows view'' と ''Origin follows center'' をチェックを入れて、再度チェックを外す) |
| | - ''Normal follow view'': 現在のビューに合わせて座標を設定する。 |
| | - ''Origin follows center'': 現在のビューに合わせて、座標中心を設定する。 |
| | - ''Edit Clipping Planes'' 内の数字 (断面番号) のいずれかをクリックする。 |
| | - ''Active'' をクリックする。 |
| | - ''Distance'' を設定する。 |
| | * どれくらい切断させたかを確認するには、分子のビューを上下左右のいずれか 90 度回転させると良い。 |
| | - 断面で囲むために、別の切断番号をクリックする。 |
| | - ''Active'' をクリックする。 |
| | - ''Normal'' の項目にある ''flip'' ボタンをクリックする。 |
| | - ''Distance'' を設定する (スクロールバーの進める方向は 7 と同じ方向)。 |
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| | * 断面状態は、''File'' -> ''Visualization State...'' で保存可能だが、再度 ''Clip Tool'' を起動するとリセットされる。 |
| | ==== パワーポイントで再生できる動画作成方法 ==== |
| - 分子パラメータやトラジェクトリを読み込んだ状態にする | - 分子パラメータやトラジェクトリを読み込んだ状態にする |
| - Extensions → Visualization → Movie Maker を選択 | - Extensions → Visualization → Movie Maker を選択 |
| * ''-c:a オーディオコーデック'' | * ''-c:a オーディオコーデック'' |
| * ''-vf crop=W:H:X:Y'' (不要な部分をカット (トリミング) するために使う; W: width, H: height) | * ''-vf crop=W:H:X:Y'' (不要な部分をカット (トリミング) するために使う; W: width, H: height) |
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| | ==== 背景色を透明にした画像を作成する ==== |
| | - POV-Ray をインストールする。<code bash>$ sudo apt install povray</code> |
| | - VMD で画像にしたい状態にする。 |
| | - ''File'' → ''Render..'' を選択する。 |
| | - File Render Controls ウィンドウ内の設定を以下の値にする。 |
| | * ''Render the current scene using'': ''POV-Ray 3.6'' |
| | * ''Filename'': 画像パス |
| | * ''Render Command'': ''/usr/bin/povray +W%w +H%h -I%s -O%s.png +D +X +A +FN +UA'' |
| | - ''Start Rendering'' ボタンをクリックする。 |
| | * 参考サイト: [[https://www.youtube.com/watch?v=KF7u8vlvzJI | How to create figures for publication using VMD /transparent background/ - YouTube]] |
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| ==== インストールしても動かせない ==== | ==== インストールしても動かせない ==== |
| * ''rlwrap: No match'' と出たら、以下のページを参考にする | * ''rlwrap: No match'' と出たら、以下のページを参考にする |
| | * [[https://www.researchgate.net/post/Problem_in_running_VMD_on_Ubuntu | (1) Problem in running VMD on Ubuntu.]] |
| * [[http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/19158.html]] | * [[http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/19158.html]] |
| * rlwrap の ''set vmdprefixcmd'' がうまく処理できていないらしい…。 | * rlwrap の ''set vmdprefixcmd'' がうまく処理できていないらしい…。 |
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| {{tag>分子シミュレーション アプリケーション}} | {{tag>分子シミュレーション アプリケーション}} |