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Gromacs
概要
- フローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージ
- 生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ
インストール方法
簡単な方法
$ sudo apt-get install gromacs gromacs-data gromacs-mpich gromacs-openmpi
- ただし、バージョンが Ubuntu のリポジトリで固定されてしまうため、最新版を扱いたい場合は、Gromacs 5.1.2 インストール方法 (Ubuntu 14.04) を参照
計算手順
Tips
- Ver. 5 の変更点
- 各種コマンドが gmx のサブコマンドに変わった
- マニュアルにコマンドの使い方が載っていない (
gmx helpあるいはgmx help サブコマンドでコマンドの使い方を見ることができる) - tpbconv が convert-tpr に変更された ( Command-line reference — GROMACS 2017-dev-20160818-ee97114 documentation)