分子シミュレーション関連:gromacs:gromacs_計算のためのtips

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分子シミュレーション関連:gromacs:gromacs_計算のためのtips [2016/10/06 14:37] – 作成 mumeiyamibito分子シミュレーション関連:gromacs:gromacs_計算のためのtips [2016/10/06 14:48] (現在) – [手法] mumeiyamibito
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   * 領域の選択肢はタンパク質や DNA、RNA、水、イオンなどよく使われる領域は自動的に生成されるが、特定の領域を選択したい場合は以下の手順で、.ndx ファイルを作る必要がある   * 領域の選択肢はタンパク質や DNA、RNA、水、イオンなどよく使われる領域は自動的に生成されるが、特定の領域を選択したい場合は以下の手順で、.ndx ファイルを作る必要がある
   - ''make_ndx'' の実行\\ <code bash>$ gmx make_ndx -f reference.gro -o output.ndx   - ''make_ndx'' の実行\\ <code bash>$ gmx make_ndx -f reference.gro -o output.ndx
 +    :
 +    :
   0 System              :   998 atoms   0 System              :   998 atoms
   1 DNA                 :   758 atoms   1 DNA                 :   758 atoms
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 > >
-    * リストの一覧と簡易ヘルプが表示される 
 </code> </code>
 +    * reference.gro は .ndx ファイルを作成する構造ファイル
 +    * output.ndx は作成する .ndx ファイル
 +    * リストの一覧と簡易ヘルプが表示される
   - 領域の指定   - 領域の指定
     * 残基番号で選択する場合: ''r 残基番号の範囲''\\ 例. 2〜5番目の残基を指定\\ <code>> r 2-5     * 残基番号で選択する場合: ''r 残基番号の範囲''\\ 例. 2〜5番目の残基を指定\\ <code>> r 2-5
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     * TOPOL.tpr は入力トラジェクトリに対応するトポロジーファイル\\ 境界をまたいでいない構造 (最適化時に作成した .tpr など) が好ましい。     * TOPOL.tpr は入力トラジェクトリに対応するトポロジーファイル\\ 境界をまたいでいない構造 (最適化時に作成した .tpr など) が好ましい。
     * OUTPUT.trr は出力トラジェクトリ (.xtc でも可)     * OUTPUT.trr は出力トラジェクトリ (.xtc でも可)
-    * 実行すると、出力する部位を尋ねられるので、数字で答える\\ 出力する部位が選択肢にない場合は、''-n index.ndx'' で .ndx ファイルを指定する → [[| ndx ファイルの作り方]]+    * 実行すると、出力する部位を尋ねられるので、数字で答える\\ 出力する部位が選択肢にない場合は、''-n index.ndx'' で .ndx ファイルを指定する → [[#特定の領域の選択肢を新規作成する方法 | ndx ファイルの作り方]]
   - 特定の分子を画面の中央に配置するトラジェクトリの作成\\ さらに溶質を中央に配置したい場合はこの操作を行う\\ <code bash>$ gmx trjconv -f INPUT.trr -s TOPOL.tpr -o OUTPUT.trr -center -pbc mol</code>   - 特定の分子を画面の中央に配置するトラジェクトリの作成\\ さらに溶質を中央に配置したい場合はこの操作を行う\\ <code bash>$ gmx trjconv -f INPUT.trr -s TOPOL.tpr -o OUTPUT.trr -center -pbc mol</code>
     * INPUT.trr は入力トラジェクトリ (.xtc でも可)\\ 前の操作の OUTPUT.trr がここに入る。     * INPUT.trr は入力トラジェクトリ (.xtc でも可)\\ 前の操作の OUTPUT.trr がここに入る。
     * TOPOL.tpr は入力トラジェクトリに対応するトポロジーファイル\\ 境界をまたいでいない構造 (最適化時に作成した .tpr など) が好ましい。前の操作の ''-s TOPOL.tpr'' と同じ。     * TOPOL.tpr は入力トラジェクトリに対応するトポロジーファイル\\ 境界をまたいでいない構造 (最適化時に作成した .tpr など) が好ましい。前の操作の ''-s TOPOL.tpr'' と同じ。
     * OUTPUT.trr は出力トラジェクトリ (.xtc でも可)     * OUTPUT.trr は出力トラジェクトリ (.xtc でも可)
-    * 実行すると、出力する部位を尋ねられるので、数字で答える\\ 出力する部位が選択肢にない場合は、''-n index.ndx'' で .ndx ファイルを指定する → [[| ndx ファイルの作り方]]+    * 実行すると、出力する部位を尋ねられるので、数字で答える\\ 出力する部位が選択肢にない場合は、''-n index.ndx'' で .ndx ファイルを指定する → [[#特定の領域の選択肢を新規作成する方法 | ndx ファイルの作り方]]
   * 参考サイト:   * 参考サイト:
     * [[http://blog.livedoor.jp/ag_plusplus/archives/67925050.html | Ag++ : GROMACSトラジェクトリからAMBERトラジェクトリへの変換 続き]]     * [[http://blog.livedoor.jp/ag_plusplus/archives/67925050.html | Ag++ : GROMACSトラジェクトリからAMBERトラジェクトリへの変換 続き]]
     * [[http://manual.gromacs.org/programs/gmx-trjconv.html | trjconv のマニュアル]]     * [[http://manual.gromacs.org/programs/gmx-trjconv.html | trjconv のマニュアル]]
  
 +=== 事前に選択肢を選ぶ ===
 +  * 入力ファイルの作成および解析の際に、力場や領域の質問の選択肢がすでにわかっている場合、事前に与える方法がある
 +  * どちらかというと、このプログラムの Tips というよりシェルの Tips に近い方法
 +  * 例. SUBCOMMAND を実行した際に 10 と答える\\ <code bash>$ gmx SUBCOMMAND ... << "EOF"
 +10
 +EOF
 +</code>
 +    * ''EOF'' で囲まれた間をプログラムに与えるという意味
 +    * 最初と最後の ''EOF'' は両方とも同じ文字列であれば、どんな単語でも良い
 +
 +{{tag>Linux 分子シミュレーション アプリケーション}}
  • 分子シミュレーション関連/gromacs/gromacs_計算のためのtips.1475732246.txt.gz
  • 最終更新: 2016/10/06 14:37
  • by mumeiyamibito