分子シミュレーション関連:gromacs:ファイルの仕様:hdb

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分子シミュレーション関連:gromacs:ファイルの仕様:hdb [2019/02/06 12:23] – [概要] mumeiyamibito分子シミュレーション関連:gromacs:ファイルの仕様:hdb [2019/02/06 13:31] (現在) – mumeiyamibito
行 4: 行 4:
   * ''gmx pdb2gmx'' 実行時に、このファイルが読み込まれ、水素原子が不足している部位に水素原子が付加される。   * ''gmx pdb2gmx'' 実行時に、このファイルが読み込まれ、水素原子が不足している部位に水素原子が付加される。
   * ''gmx pdb2gmx'' の ''-ignh'' はこのファイルを読み込まない。   * ''gmx pdb2gmx'' の ''-ignh'' はこのファイルを読み込まない。
- 
-===== フォーマット ===== 
-  * フォーマット 
  
 ===== 形式 ===== ===== 形式 =====
 +  * フォーマット\\ <code>
 +RES_NAME  H_PATTERN_NUM
 +H_NUM  PATTERN_TYPE  H_NAME  CONNECTED_HEAVY_ATOM  CONNECTED_LIST
 +    :
 +</code>
 +    * ''RES_NAME'': 残基名
 +    * ''H_PATTERN_NUM'': 残基内の水素原子の結合パターン数 (この行の下に列挙するパターン数)
 +    * ''H_NUM'': この行で指定する水素原子結合パターンに属する水素原子数
 +    * ''PATTERN_TYPE'': (おそらく、水素結合様式？)
 +    * ''H_NUM'' と ''PATTERN_TYPE'' の組み合わせ例は以下の通り。
 +      * ''1  1'': N-link N-H, C-terminal OH, aromatic CH
 +      * ''1  2'': Side-chain OH
 +      * ''1  5'': C-alpha CH
 +      * ''2  3'': NH<sub>2</sub>
 +      * ''2  6'': Alkane
 +      * ''3  4'': N-terminal NH<sub>3</sub>, SP<sup>3</sup> CH<sub>3</sub>
 +      * 参考サイト: [[https://github.com/UWPRG/GROMACS/wiki/Adding-residues-in-GROMACS | Adding residues in GROMACS · UWPRG/GROMACS Wiki · GitHub]]
 +    * ''H_NAME'': 水素原子名 (ただし、Gromacs では NH<sub>2</sub> のような特定の重原子に複数結合した水素の場合、''NH'1'' や ''NH'2'' などのように最後に番号が付くが、最後の番号は省略する)
 +    * ''CONNECTED_HEAVY_ATOM'': 水素原子が直接結合している重原子の原子名
 +    * ''CONNECTED_LIST'': ''CONNECTED_HEAVY_ATOM'' に結合している重原子の原子名リスト (ただし、リストの個数は現在不明)
 +  * 例. ''dna.hdb''\\ <code>
 +DA5 9
 +1 2 H5T O5' C5' C4'
 +2 6 H5' C5' O5' C4'
 +1 5 H4' C4' C5' O4' C3'
 +1 5 H1' C1' O4' N9 C2'
 +1 1 H8 C8 N9 N7
 +2 3 H6 N6 C6 C5
 +1 1 H2 C2 N1 N3
 +1 5 H3' C3' C4' C2' O3'
 +2 6 H2' C2' C1' C3'
 +DA 8
 +2 6 H5' C5' O5' C4'
 +1 5 H4' C4' C5' O4' C3'
 +1 5 H1' C1' O4' N9 C2'
 +1 1 H8 C8 N9 N7
 +2 3 H6 N6 C6 C5
 +1 1 H2 C2 N1 N3
 +1 5 H3' C3' C4' C2' O3'
 +2 6 H2' C2' C1' C3'
 +    :
 +</code>
 +
  • 分子シミュレーション関連/gromacs/ファイルの仕様/hdb.1549423437.txt.gz
  • 最終更新: 2019/02/06 12:23
  • by mumeiyamibito