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| 分子シミュレーション関連:amber [2016/09/09 11:51] – mumeiyamibito | 分子シミュレーション関連:amber [2018/02/05 10:00] (現在) – [内容] mumeiyamibito | ||
|---|---|---|---|
| 行 13: | 行 13: | ||
| ===== 内容 ===== | ===== 内容 ===== | ||
| * [[分子シミュレーション関連/ | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| - | ===== 入力ファイル作成 ===== | ||
| - | * 入力ファイルの作成には '' | ||
| - | * ここでは、hoge.pdb という構造ファイルから、Amber14SB 力場を指定した入力ファイルを作成する | ||
| - | * 特殊な残基 (リガンドなど) を含まない系 ()\\ <code bash>$ tleap | ||
| - | > source / | ||
| - | > system = loadpdb hoge.pdb | ||
| - | > check system | ||
| - | > addions2 system K+ 0 | ||
| - | > solvatebox system TIP3PBOX 20.0 | ||
| - | > saveamberparm system hoge.prmtop hoge.inpcrd | ||
| - | </ | ||
| - | * '' | ||
| - | * パラメータファイルは $AMBERHOME/ | ||
| - | * tleap 実行時に -f オプションでパラメータファイルを指定すると、この source コマンドは不要 | ||
| - | * ' | ||
| - | * ここで指定した '' | ||
| - | * '' | ||
| - | * 構造に問題があると、ここでエラーや warning が表示される (エラーが出た場合は、'' | ||
| - | * '' | ||
| - | * '' | ||
| - | * '' | ||
| - | * 第1引数: 系を指定する変数 | ||
| - | * 第2引数: 追加するイオン | ||
| - | * 第3引数: イオンの個数 (0 を指定すると、電荷が 0 になるようにイオンが追加される) | ||
| - | * 第4引数: 追加する別のイオン | ||
| - | * 第5引数: 追加する別のイオンの個数 (0 を指定すると、電荷が 0 になるようにイオンが追加される) | ||
| - | * '' | ||
| - | * 第1引数: 系を指定する変数 | ||
| - | * 第2引数: 水分子のモデルの指定 ('' | ||
| - | * 第3引数: 溶質からの水分子の厚さ(Å) (ここでは、溶質から 20 Å を指定している) | ||
| - | * '' | ||
| - | * 第1引数: 系を指定する変数 | ||
| - | * 第2引数: パラメータファイル (MD計算で使う) | ||
| - | * 第3引数: 構造ファイル (MD計算で使う) | ||
| - | |||
| - | * リガンド (通常の力場に含まれない低分子) を含む系 | ||
| - | <note warning> | ||
| - | |||
| - | |||
| - | * 特殊残基 (通常の力場に含まれない残基が結合している) を含む系 | ||
| - | <note warning> | ||
| - | |||
| - | |||
| - | * 周期境界ボックスのサイズを指定する場合 (溶液のイオン濃度を指定する場合) | ||
| - | - 中心座標の取得\\ <code bash>$ tleap | ||
| - | > source / | ||
| - | > system = loadpdb hoge.pdb | ||
| - | > check system | ||
| - | > center system | ||
| - | > quit | ||
| - | </ | ||
| - | * '' | ||
| - | - 入力ファイルの作成\\ <code bash>$ tleap | ||
| - | > source / | ||
| - | > system = loadpdb hoge.pdb | ||
| - | > set system box {X Y Z} | ||
| - | > translate system {コピーした座標にそれぞれ -1 をかけた座標} | ||
| - | > addions2 system K+ 0 | ||
| - | > solvatebox system TIP3PBOX 0.1 | ||
| - | > saveamberparm system hoge.prmtop hoge.inpcrd | ||
| - | </ | ||
| - | * '' | ||
| - | * '' | ||
| - | * '' | ||
| - | * '' | ||
| - | * 参考サイト: | ||
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