分子シミュレーション関連:環境構築:gromacs_2025.2

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Gromacs 2025.2 のインストール方法

インストール環境

  • OS: LinuxMint 22.1
  • Gromacs: 2025.2
  • OpenMPI: 5.0.8
  • FFTW: Gromacs インストーラでの自動インストール
  • 作業ディレクトリ: '$HOME/opt'
  • インストール先: '/usr/local'
  • シェル環境: fish shell

手順

  1. 作業ディレクトリを作成する。
    $ mkdir $HOME/opt

OpenMPI のインストール

  1. OpenMPI をダウンロードする。
    $ cd $HOME/opt
$ wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v5.0/openmpi-5.0.8.tar.gz
  2. 展開する。
    $ tar axvf ../openmpi-5.0.8.tar.gz
  3. インストールする。
    $ cd openmpi-5.0.8
$ ./configure --prefix=/usr/local --enable-static --with-slurm CC=gcc CXX=g++ F77=gfortran FC=gfortran
$ make -j 4
$ sudo make install
  4. 設定ファイルに以下を追記する。
    • bash の場合 ('$HOME/.bashrc') 
      export LD_LIBRARY_PATH $LD_LIBRARY_PATH /usr/local/lib
    • fish の場合 ('$HOME/.config/fish/config.fish)
      <code bash> set -gx LD_LIBRARY_PATH $LD_LIBRARY_PATH /usr/local/lib </code> - 設定を適用する。
      <code bash> * bash の場合 (      '$HOME/.bashrc')
      <code bash> $ source $HOME/.bashrc </code> * fish の場合 (      '$HOME/.config/fish/config.fish) 
      $ source $HOME/.config/fish/config.fish

Gromacs のインストール

  1. 必要パッケージをインストールする。
    $ sudo apt install cmake
  2. パッケージをダウンロードする。
    $ cd $HOME/opt
$ wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2025.2.tar.gz
  3. Gromacs パッケージを展開する。
    $ tar axvf gromacs-2025.2.tar.gz
  4. Gromacs をインストールする。
    $ cd gromacs-2025.2
 
# for single version
$ mkdir single
$ cd single
$ cmake ../ -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/bin/mpicxx -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2025.2 -DGMX_SIMD=AVX_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -DGMX_BINARY_SUFFIX="" -DGMX_LIBS_SUFFIX="" -DGMX_MPI=OFF -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_GPU=OFF
$ make -j 4
$ sudo make install
$ cd ..
 
# for double version
$ mkdir double
$ cd double
$ cmake ../ -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/bin/mpicxx -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2025.2 -DGMX_SIMD=AVX_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -DGMX_BINARY_SUFFIX="_d" -DGMX_LIBS_SUFFIX="_d" -DGMX_MPI=OFF -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_GPU=OFF
$ make -j 4
$ sudo make install
$ cd ..
 
# for single mpi version
$ mkdir single_mpi
$ cd single_mpi
$ cmake ../ -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/bin/mpicxx -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2025.2 -DGMX_SIMD=AVX_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -DGMX_BINARY_SUFFIX="_mpi" -DGMX_LIBS_SUFFIX="_mpi" -DGMX_MPI=ON -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_GPU=OFF
$ make -j 4
$ sudo make install
$ cd ..
 
# for double mpi version
$ mkdir double_mpi
$ cd double_mpi
$ cmake ../ -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/bin/mpicxx -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2025.2 -DGMX_SIMD=AVX_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -DGMX_BINARY_SUFFIX="_d_mpi" -DGMX_LIBS_SUFFIX="_d_mpi" -DGMX_MPI=ON -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_GPU=OFF
$ make -j 4
$ sudo make install
$ cd ..

使用時の設定

  • bash の場合
    $ source /usr/local/gromacs-2025.2/bin/GMXRC.bash
  • fish の場合
    1. gmxrc.fish.zip をダウンロードする。
    2. 展開して、 GMXRC.fish にする。
    3. /usr/local/gromacs-2025.2/bin/ 以下に配置する。
    4. 以下のコマンドを実行する。
      $ source /usr/local/gromacs-2025.2/bin/GMXRC.fish
, ,
  • 分子シミュレーション関連/環境構築/gromacs_2025.2.1753713959.txt.gz
  • 最終更新: 2025/07/28 23:45
  • by mumeiyamibito