分子シミュレーション関連:環境構築:gromacs_2025.2 [無銘闇人の備忘録]

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====== Gromacs 2025.2 のインストール方法 ======
===== インストール環境 =====
  * OS: LinuxMint 22.1
  * Gromacs: 2025.2
  * OpenMPI: 5.0.8
  * FFTW: Gromacs インストーラでの自動インストール
  * 作業ディレクトリ: ''$HOME/opt''
  * インストール先: ''/usr/local''
  * シェル環境: fish shell


===== 手順 =====
  - 作業ディレクトリを作成する。\\ <code bash>
$ mkdir $HOME/opt
</code>


==== OpenMPI のインストール ====
  - OpenMPI をダウンロードする。\\ <code bash>
$ cd $HOME/opt
$ wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v5.0/openmpi-5.0.8.tar.gz
</code>
  - 展開する。\\ <code bash>
$ tar axvf ../openmpi-5.0.8.tar.gz
</code>
  - インストールする。\\ <code bash>
$ cd openmpi-5.0.8
$ ./configure --prefix=/usr/local --enable-static --with-slurm CC=gcc CXX=g++ F77=gfortran FC=gfortran
$ make -j 4
$ sudo make install
</code>
  - 設定ファイルに以下を追記する。
    * bash の場合 (''$HOME/.bashrc'') \\ <code bash>
export LD_LIBRARY_PATH $LD_LIBRARY_PATH /usr/local/lib
</code>
    * fish の場合 (''$HOME/.config/fish/config.fish'')\\ <code bash>
set -gx LD_LIBRARY_PATH $LD_LIBRARY_PATH /usr/local/lib
</code>
  - 設定を適用する。\\ <code bash>
    * bash の場合 (''$HOME/.bashrc'')\\ <code bash>
$ source $HOME/.bashrc
</code>
    * fish の場合 (''$HOME/.config/fish/config.fish'')\\ <code bash>
$ source $HOME/.config/fish/config.fish
</code>


==== Gromacs のインストール ====
  - 必要パッケージをインストールする。\\ <code bash>
$ sudo apt install cmake
</code>
  - パッケージをダウンロードする。\\ <code bash>
$ cd $HOME/opt
$ wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2025.2.tar.gz
</code>
  - Gromacs パッケージを展開する。\\ <code bash>
$ tar axvf gromacs-2025.2.tar.gz
</code>
  - Gromacs をインストールする。\\ <code bash>
$ cd gromacs-2025.2

# for single version
$ mkdir single
$ cd single
$ cmake ../ -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/bin/mpicxx -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2025.2 -DGMX_SIMD=AVX_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -DGMX_BINARY_SUFFIX="" -DGMX_LIBS_SUFFIX="" -DGMX_MPI=OFF -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_GPU=OFF
$ make -j 4
$ sudo make install
$ cd ..

# for double version
$ mkdir double
$ cd double
$ cmake ../ -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/bin/mpicxx -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2025.2 -DGMX_SIMD=AVX_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -DGMX_BINARY_SUFFIX="_d" -DGMX_LIBS_SUFFIX="_d" -DGMX_MPI=OFF -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_GPU=OFF
$ make -j 4
$ sudo make install
$ cd ..

# for single mpi version
$ mkdir single_mpi
$ cd single_mpi
$ cmake ../ -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/bin/mpicxx -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2025.2 -DGMX_SIMD=AVX_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -DGMX_BINARY_SUFFIX="_mpi" -DGMX_LIBS_SUFFIX="_mpi" -DGMX_MPI=ON -DGMX_DOUBLE=OFF -DGMX_GPU=OFF
$ make -j 4
$ sudo make install
$ cd ..

# for double mpi version
$ mkdir double_mpi
$ cd double_mpi
$ cmake ../ -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/bin/mpicxx -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2025.2 -DGMX_SIMD=AVX_256 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF -DGMX_BINARY_SUFFIX="_d_mpi" -DGMX_LIBS_SUFFIX="_d_mpi" -DGMX_MPI=ON -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_GPU=OFF
$ make -j 4
$ sudo make install
$ cd ..
</code>

==== 使用時の設定 ====
  * bash の場合\\ <code bash>
$ source /usr/local/gromacs-2025.2/bin/GMXRC.bash
</code>
  * fish の場合
    - {{ :分子シミュレーション関連:環境構築:gmxrc.fish.zip |}} をダウンロードする。
    - 展開して、 ''GMXRC.fish'' にする。
    - ''/usr/local/gromacs-2025.2/bin/'' 以下に配置する。
    - 以下のコマンドを実行する。\\ <code bash>
$ source /usr/local/gromacs-2025.2/bin/GMXRC.fish
</code>


{{tag>Linux サーバ 分シミュレーション}}