Python モジュール: parmed

• Gromacs や AMBER の構造やトポロジーファイルを扱うモジュール

$ sudo pip3 install parmed

import parmed

structure = parmed.load_file("INPUT")

• structure: 構造オブジェクトを格納する変数
• INPUT: 構造ファイル (.pdb / .gro)

structure.save("OUTPUT", "FORMAT", overwrite = True)

• structure: 構造オブジェクト
• OUTPUT: 出力ファイル (.pdb / .gro)
• FORMAT: 出力ファイルのフォーマット (pdb / gro)
• overwrite = True: 上書き保存する

topology = parmed.gromacs.GromacsTopologyFile("INPUT")

• topology: トポロジーオブジェクトを格納する変数
• INPUT: トポロジーファイル (.top)

topology = parmed.amber.AmberParm("INPUT")

• topology: トポロジーオブジェクトを格納する変数
• INPUT: トポロジーファイル (.prmtop)

topology.save("OUTPUT", "FORMAT", overwrite = True)

• topology: トポロジーオブジェクト
• OUTPUT: 出力ファイル　(.top / .prmtop)
• FORMAT: 出力ファイルのフォーマット (gromacs (gromacs トポロジー) / amber (Amber トポロジー))
• overwrite = True: 上書き保存する

• ParmEd — ParmEd documentation