python:parmed

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python:parmed [2020/06/30 12:27] – [PDB から座標を抽出する] mumeiyamibitopython:parmed [2023/02/15 14:03] (現在) – [PDB からリガンドの座標を抽出する] mumeiyamibito
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 obj_mol = parmed.load_file("5r7y.pdb") obj_mol = parmed.load_file("5r7y.pdb")
 obj_ambermask = parmed.amber.AmberMask(obj_mol, ":JFM") obj_ambermask = parmed.amber.AmberMask(obj_mol, ":JFM")
-print(obj_mol.coordinates[list(obj_ambermask.Selected)])+print(obj_mol.coordinates[list(obj_ambermask.Selected())])
 </code> </code>
 +    * ''parmed.amber.AmberMask(MOLECULE_OBJECT, AMBERMASK)'' で Amber mask による指定ができる。 
 +    * AmberMask オブジェクトの ''.Selected()'' はジェネレータで、Amber mask で指定された原子のインデックス (配列インデックス) を返す。
  
 ===== 参考サイト ===== ===== 参考サイト =====
  • python/parmed.1593487643.txt.gz
  • 最終更新: 2020/06/30 12:27
  • by mumeiyamibito