python:parmed

差分

このページの2つのバージョン間の差分を表示します。

この比較画面へのリンク

両方とも前のリビジョン 前のリビジョン
次のリビジョン		 前のリビジョン
python:parmed [2020/06/30 12:25] – mumeiyamibitopython:parmed [2023/02/15 14:03] (現在) – [PDB からリガンドの座標を抽出する] mumeiyamibito
行 87: 行 87:
 print(obj_mol.coordinates) print(obj_mol.coordinates)
 </code> </code>
 +    * 座標は numpy.ndarray 形式で取得できる
 ==== PDB からリガンドの座標を抽出する ==== ==== PDB からリガンドの座標を抽出する ====
   * 5r7y.pdb (リガンド残基名 ''JFM'') の場合\\ <code python>   * 5r7y.pdb (リガンド残基名 ''JFM'') の場合\\ <code python>
行 93: 行 93:
 obj_mol = parmed.load_file("5r7y.pdb") obj_mol = parmed.load_file("5r7y.pdb")
 obj_ambermask = parmed.amber.AmberMask(obj_mol, ":JFM") obj_ambermask = parmed.amber.AmberMask(obj_mol, ":JFM")
-print(obj_mol.coordinates[list(obj_ambermask.Selected)])+print(obj_mol.coordinates[list(obj_ambermask.Selected())])
 </code> </code>
 +    * ''parmed.amber.AmberMask(MOLECULE_OBJECT, AMBERMASK)'' で Amber mask による指定ができる。 
 +    * AmberMask オブジェクトの ''.Selected()'' はジェネレータで、Amber mask で指定された原子のインデックス (配列インデックス) を返す。
  
 ===== 参考サイト ===== ===== 参考サイト =====
  • python/parmed.1593487537.txt.gz
  • 最終更新: 2020/06/30 12:25
  • by mumeiyamibito