python:parmed

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python:parmed [2020/06/30 12:25] – mumeiyamibitopython:parmed [2025/05/27 13:26] (現在) – [特定部位の削除] mumeiyamibito
行 77: 行 77:
 <code python>object.strip("AMBER_MASK")</code> <code python>object.strip("AMBER_MASK")</code>
   * ''AMBER_MASK'': 削除する部位の Amber mask   * ''AMBER_MASK'': 削除する部位の Amber mask
 +  * 番号で残基や原子を指定する場合、PDB 記載の番号ではなく、1 から始まる先頭から何番目かという番号になる。
  
  
行 87: 行 88:
 print(obj_mol.coordinates) print(obj_mol.coordinates)
 </code> </code>
 +    * 座標は numpy.ndarray 形式で取得できる
 ==== PDB からリガンドの座標を抽出する ==== ==== PDB からリガンドの座標を抽出する ====
   * 5r7y.pdb (リガンド残基名 ''JFM'') の場合\\ <code python>   * 5r7y.pdb (リガンド残基名 ''JFM'') の場合\\ <code python>
行 93: 行 94:
 obj_mol = parmed.load_file("5r7y.pdb") obj_mol = parmed.load_file("5r7y.pdb")
 obj_ambermask = parmed.amber.AmberMask(obj_mol, ":JFM") obj_ambermask = parmed.amber.AmberMask(obj_mol, ":JFM")
-print(obj_mol.coordinates[list(obj_ambermask.Selected)])+print(obj_mol.coordinates[list(obj_ambermask.Selected())])
 </code> </code>
 +    * ''parmed.amber.AmberMask(MOLECULE_OBJECT, AMBERMASK)'' で Amber mask による指定ができる。 
 +    * AmberMask オブジェクトの ''.Selected()'' はジェネレータで、Amber mask で指定された原子のインデックス (配列インデックス) を返す。
  
 ===== 参考サイト ===== ===== 参考サイト =====
  • python/parmed.1593487537.txt.gz
  • 最終更新: 2020/06/30 12:25
  • by mumeiyamibito