python:parmed

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python:parmed [2018/07/11 18:58] – mumeiyamibitopython:parmed [2023/02/15 14:03] (現在) – [PDB からリガンドの座標を抽出する] mumeiyamibito
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   * ''AMBER_MASK'': 削除する部位の Amber mask   * ''AMBER_MASK'': 削除する部位の Amber mask
  
 +
 +
 +===== 使用例 =====
 +==== PDB から座標を抽出する ====
 +  * example.pdb の場合:\\ <code python>
 +import parmed
 +obj_mol = parmed.load_file("example.pdb")
 +print(obj_mol.coordinates)
 +</code>
 +    * 座標は numpy.ndarray 形式で取得できる
 +==== PDB からリガンドの座標を抽出する ====
 +  * 5r7y.pdb (リガンド残基名 ''JFM'') の場合\\ <code python>
 +import parmed
 +obj_mol = parmed.load_file("5r7y.pdb")
 +obj_ambermask = parmed.amber.AmberMask(obj_mol, ":JFM")
 +print(obj_mol.coordinates[list(obj_ambermask.Selected())])
 +</code>
 +    * ''parmed.amber.AmberMask(MOLECULE_OBJECT, AMBERMASK)'' で Amber mask による指定ができる。
 +    * AmberMask オブジェクトの ''.Selected()'' はジェネレータで、Amber mask で指定された原子のインデックス (配列インデックス) を返す。
  
 ===== 参考サイト ===== ===== 参考サイト =====
  • python/parmed.1531303119.txt.gz
  • 最終更新: 2018/07/11 18:58
  • by mumeiyamibito