http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/ Wed, 22 Apr 2026 13:15:41 +0000 FeedCreator 1.8 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/_media/logo.png http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/ http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/gromacs/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%81%AE%E4%BB%95%E6%A7%98/arn?rev=1549423402&do=diff arn ファイル 概要 * AMBER や PDB での原子名を Gromacs (.gro) 形式の原子名に変換するためのリスト * gmx pdb2gmx では、このリストを基に .gro ファイルが生成される。 形式 * フォーマット anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Wed, 06 Feb 2019 03:23:22 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/gromacs/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%81%AE%E4%BB%95%E6%A7%98/hdb?rev=1549427482&do=diff hdb ファイル 概要 * 水素原子を付ける場所を指定するファイル * gmx pdb2gmx 実行時に、このファイルが読み込まれ、水素原子が不足している部位に水素原子が付加される。 * gmx pdb2gmx の anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Wed, 06 Feb 2019 04:31:22 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/gromacs/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%81%AE%E4%BB%95%E6%A7%98/r2b?rev=1549427318&do=diff r2b ファイル 概要 * 残基名を末端用に変換するためのリスト * PDB ファイルには末端残基名でない場合もあるため、このようなマッピングが必要になる。 形式 * フォーマット RES_NAME RES_MAIN RES_N RES_C RES_2 : anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Wed, 06 Feb 2019 04:28:38 +0000