http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/ Wed, 20 May 2026 19:21:36 +0000 FeedCreator 1.8 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/_media/logo.png http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/ http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/gromacs/amber_%E3%81%A8_gromacs_%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%81%AE%E5%A4%89%E6%8F%9B?rev=1492510579&do=diff AMBER と Gromacs ファイルの変換 概要 * AMBER で入力ファイルを作成して、Gromacs で計算、最後に AMBER で解析する方法 * Gromacs は無料で、AMBER の入力ファイル作成ツール AmberTools も無料なため、金銭的なコストは 0。 anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Tue, 18 Apr 2017 10:16:19 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/gromacs/gromacs_%E8%A8%88%E7%AE%97%E3%81%AE%E3%81%9F%E3%82%81%E3%81%AEtips?rev=1475732918&do=diff Gromacs 計算のためのTips 概要 * 入力ファイル作成方法や解析方法でのTips 手法 特定の領域の選択肢を新規作成する方法 * 入力ファイルや解析ツールを使っていると、どの領域に対して計算を実行するか尋ねられることがある。 anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Thu, 06 Oct 2016 05:48:38 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/gromacs/gromacs%E8%A8%88%E7%AE%97%E6%89%8B%E9%A0%86_ver.5?rev=1732506909&do=diff Gromacs 計算手順 (Ver.5) 概要 * Gromacs Ver.5 以降の計算手順 * 基本的には各コマンドが gmx のサブコマンドとなっただけで基本的には同じ 手順 通常 * PDB ファイルを GRO ファイルに変換する。 anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Mon, 25 Nov 2024 03:55:09 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/gromacs/%E3%82%A8%E3%83%A9%E3%83%BC%E5%AF%BE%E7%AD%96?rev=1561942150&do=diff エラー対策 Water molecule starting at atom N can not be settled * 【原因】配置した水分子の初期位置が悪く、最適化がうまくできない場合に起こる。 * 【対策】emstep の値を変えてみる (0.02、0.03、 anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Mon, 01 Jul 2019 00:49:10 +0000