http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/ Wed, 20 May 2026 19:21:34 +0000 FeedCreator 1.8 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/_media/logo.png http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/ http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/amber/%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB%E6%96%B9%E6%B3%95?rev=1611111552&do=diff インストール方法 * AMBER12 以降の gcc を使った実行ファイルの作成方法 * ここでは、AmberTools のインストール方法を紹介する * ただし、AmberTools を展開したディレクトリに PMEMD を含む AMBER 本体を展開すると、同時にインストールすることができる anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Wed, 20 Jan 2021 02:59:12 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/amber/%E3%82%BD%E3%83%95%E3%83%88%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%82%A2%E9%96%8B%E7%99%BA?rev=1519892055&do=diff AMBER 用 ソフトウェア開発 概要 * AMBER による MD 計算解析プログラム開発のための Tips NetCDF タイプのトラジェクトリの読み込み 概要 * AMBER のトラジェクトリファイルにはテキストベースの .mdcrd とバイナリベースの .nc が存在する anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Thu, 01 Mar 2018 08:14:15 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/amber/%E5%85%A5%E5%8A%9B%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%81%AE%E4%BD%9C%E6%88%90?rev=1473389742&do=diff 入力ファイル作成 概要 * 入力ファイルの作成には tleap、あるいは xleap (GUI バージョン) を使う (ここでは tleap での操作を紹介する) * ここでは、hoge.pdb という構造ファイルから、Amber14SB 力場を指定した入力ファイルを作成する anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Fri, 09 Sep 2016 02:55:42 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/amber/%E8%A7%A3%E6%9E%90%E6%96%B9%E6%B3%95?rev=1660798091&do=diff 解析方法 RMSD 解析 * 指定された対象の RMSD の経時変化を解析する。 * $RMSD = \sqrt{\frac {\sum_{i = 1}^{N} (a_i - b_i)^2}{N}}$ * cpptraj に同梱のパッケージで解析ができる。 * パラメータファイル (test.prmtop) と座標ファイル (test.inpcrd / *.nc anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Thu, 18 Aug 2022 04:48:11 +0000