http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/ Thu, 07 May 2026 07:56:32 +0000 FeedCreator 1.8 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/_media/logo.png http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/ http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/%E7%92%B0%E5%A2%83%E6%A7%8B%E7%AF%89/cuda?rev=1551664126&do=diff CUDA 概要 * GPU を使って計算するためのプラットフォーム インストール * 環境: Ubuntu 16.04 (64bit) * 参考サイト: CUDA 8.0 RCをUbuntu 16.04 LTS + GTX1080にインストール - Qiita * 「 CUDA Toolkit | NVIDIA Developer」 から、CUDA のインストーラをダウンロードする (ここでは cuda-repo-ubuntu1604-10-1-local-10.1.105-418.39_1.0-1_amd64.deb anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Mon, 04 Mar 2019 01:48:46 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/%E7%92%B0%E5%A2%83%E6%A7%8B%E7%AF%89/gromacs?rev=1753712224&do=diff Gromacs 概要 * フローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージ * 生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Mon, 28 Jul 2025 14:17:04 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/%E7%92%B0%E5%A2%83%E6%A7%8B%E7%AF%89/gromacs_2025.2?rev=1753714122&do=diff Gromacs 2025.2 のインストール方法 インストール環境 * OS: LinuxMint 22.1 * Gromacs: 2025.2 * OpenMPI: 5.0.8 * FFTW: Gromacs インストーラでの自動インストール * 作業ディレクトリ: $HOME/opt * インストール先: anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Mon, 28 Jul 2025 14:48:42 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/%E7%92%B0%E5%A2%83%E6%A7%8B%E7%AF%89/slurm?rev=1686707596&do=diff Slurm 概要 * Torque や Sun Grid Engine のようなジョブ管理ツール。 * 現状、Slurm は Torque に比べ圧倒的にドキュメントが少なく、日本語ドキュメントはさらに少ない…。 * Ubuntu のデフォルトリポジトリには登録されている。 anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Wed, 14 Jun 2023 01:53:16 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/%E7%92%B0%E5%A2%83%E6%A7%8B%E7%AF%89/torque_%E6%97%A7pbs?rev=1480043877&do=diff torque (旧OpenPBS) 概要 * 計算機クラスターのジョブ管理スケジューラ * 異なるジョブを逐次処理させたい場合に便利 (以下の条件の時とか？) * メモリや CPU を最大まで使うジョブが複数あり、同時に流すとリソースの取り合いになる。最悪の場合、計算機が落ちる。 anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Fri, 25 Nov 2016 03:17:57 +0000