http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/ Wed, 20 May 2026 17:52:01 +0000 FeedCreator 1.8 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/_media/logo.png http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/ http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/amber?rev=1517792415&do=diff AMBER 概要 * 分子動力学 (Molecular Dynamics; MD) 計算プログラム * MD エンジンは、2 年に一度 (偶数年) リリースされるらしい。 * AMBER の入力ファイル作成や解析に必要なツール AmberTools は毎年リリースされるらしい。 anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Mon, 05 Feb 2018 01:00:15 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/discovery_studio_visualizer?rev=1642038288&do=diff Discovery Studio Visualizer 概要 * 様々な計算ツールと連携できる分子ビューア * ビューアだけなら無料 (それでも十分に多機能なのですが…) 入手方法 * 「 BIOVIA Discovery Studio を使用した創薬プロセスの改善」 から「製品ダウンロード」→「Free BIOVIA Software」→「request a free copy of Discovery Studio Visualizer and ActiveX Control」 anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Thu, 13 Jan 2022 01:44:48 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/gromacs?rev=1753712204&do=diff Gromacs 概要 * フローニンゲン大学で開発された分子動力学シミュレーションのソフトウェアパッケージ * 生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Mon, 28 Jul 2025 14:16:44 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/pdb%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB?rev=1738894455&do=diff PDB ファイル 概要 * Protein Data Bank で提供されている生体分子の 3 次元構造データのフォーマット。 フォーマット * 公式: * Atomic Coordinate Entry Format Version 3.3 * 参考: * Introduction to Protein Data Bank Format * 各行の先頭 6 文字は、その行で記述されている内容の種類を示している。 anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Fri, 07 Feb 2025 02:14:15 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/top?rev=1517792141&do=diff シミュレーションツール * AMBER * Gromacs 可視化ツール * VMD * Discovery Studio 環境構築 * 分子シミュレーションをするための環境構築 anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Mon, 05 Feb 2018 00:55:41 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/vmd?rev=1695789774&do=diff VMD 概要 * イリノイ大学で開発された分子構造可視化ツール * 分子動力学シミュレーション分野では有名な可視化ツール * トラジェクトリ (分子の軌跡) や構造内の水素結合の可視化ができる anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Wed, 27 Sep 2023 04:42:54 +0000 http://metallocrystal.pug-chimera.ts.net/%E5%88%86%E5%AD%90%E3%82%B7%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%A2%E9%80%A3/%E7%92%B0%E5%A2%83%E6%A7%8B%E7%AF%89?rev=1551425199&do=diff 分子シミュレーションをするための環境構築 概要 * Linux で分子シミュレーションをするための環境構築方法 コンテンツ * torque (旧OpenPBS) * Slurm * CUDA * Gromacs 参考サイト * 環境構築の参考サイト Ubuntu 14.04 に Molecular Dynamics シミュレーション環境を構築したメモ - Λlisue's blog linux サーバ 分子シミュレーション anonymous@undisclosed.example.com (Anonymous) Fri, 01 Mar 2019 07:26:39 +0000