分子シミュレーション関連:環境構築:torque_旧pbs:サーバの設定

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サーバの設定

  • 多くのサイトでは、ファイルを書き換えて行う方法を紹介しているが、その場合、torque-server (pbs_server) を再起動する必要がある。
  • ここでは qmgr によって設定 (動的に変更) する方法を紹介する
  1. 新たにサーバプロファイルを作成 (このコマンドを実行すると torque_server が起動する)
    $ sudo pbs_server -t create
  2. ノードの設定
    • 4スレッドを持つ hoge というノードを追加する場合
      $ sudo qmgr
      > create node hoge
      > set node hoge np=4
      > set node hoge properties="cpu"
    • CPU 2スレッド、GPU 1 ノードのノード fuga を追加する場合 (Torque 2.5.6, 3.0.2 移行のバージョンで指定可能)
      $ sudo qmgr
      > create node fuga
      > set node fuga np=2
      > set node fuga gpus=1
      > set node fuga properties="gpu"
      • np: CPU 数
      • gpus: GPU のノード数
      • properties: resources_default.neednodes で指定する際に指定する任意の名前 (他のノードとひとまとめに指定できる)
      • 上記コマンドをノードの数だけ設定していく
      • 設定は /var/spool/torque/server_priv/nodes に保存されていく (他のサイトで編集しているファイルと同じ)
  3. サーバやキューの設定
    #
    # Create queues and set their attributes.
    #
    #
    # Create and define queue F
    #
    create queue F
    set queue F queue_type = Execution
    set queue F resources_default.ncpus = 1
    set queue F resources_default.nodes = 1
    set queue F enabled = True
    set queue F started = True
    #
    # Create and define queue Q2
    #
    create queue Q2
    set queue Q2 queue_type = Execution
    set queue Q2 max_running = 1
    set queue Q2 resources_max.ncpus = 4
    set queue Q2 resources_max.nodes = 1
    set queue Q2 resources_default.ncpus = 1
    set queue Q2 resources_default.nodes = 1
    set queue Q2 resources_available.ncpus = 4
    set queue Q2 resources_available.nodes = 1
    set queue Q2 enabled = True
    set queue Q2 started = True
    #
    # Create and define queue Q4
    #
    create queue Q4
    set queue Q4 queue_type = Execution
    set queue Q4 max_running = 1
    set queue Q4 resources_max.ncpus = 4
    set queue Q4 resources_max.nodes = 1
    set queue Q4 resources_default.ncpus = 1
    set queue Q4 resources_default.nodes = 1
    set queue Q4 resources_available.ncpus = 4
    set queue Q4 resources_available.nodes = 1
    set queue Q4 enabled = True
    set queue Q4 started = True
    #
    # Create and define queue Q1
    #
    create queue Q1
    set queue Q1 queue_type = Execution
    set queue Q1 max_running = 1
    set queue Q1 resources_max.ncpus = 4
    set queue Q1 resources_max.nodes = 1
    set queue Q1 resources_default.ncpus = 1
    set queue Q1 resources_default.nodes = 1
    set queue Q1 resources_available.ncpus = 4
    set queue Q1 resources_available.nodes = 1
    set queue Q1 enabled = True
    set queue Q1 started = True
    #
    # Create and define queue Q3
    #
    create queue Q3
    set queue Q3 queue_type = Execution
    set queue Q3 max_running = 1
    set queue Q3 resources_max.ncpus = 4
    set queue Q3 resources_max.nodes = 1
    set queue Q3 resources_default.ncpus = 1
    set queue Q3 resources_default.nodes = 1
    set queue Q3 resources_available.ncpus = 4
    set queue Q3 resources_available.nodes = 1
    set queue Q3 enabled = True
    set queue Q3 started = True
    #
    # Set server attributes.
    #
    set server scheduling = True
    set server default_queue = F
    set server log_events = 511
    set server query_other_jobs = True
    set server scheduler_iteration = 600
    set server node_check_rate = 150
    set server tcp_timeout = 6
    set server node_pack = False
    set server allow_node_submit = True
    • F: 制限がないキュー
    • Q1〜Q4: 1 ジョブしか流せないキュー
  1. キューファイルの例:

$ sudo service torque-server start $ sudo qmgr < queue.conf</code>

  • 分子シミュレーション関連/環境構築/torque_旧pbs/サーバの設定.1468902763.txt.gz
  • 最終更新: 2016/07/19 13:32
  • by mumeiyamibito