~/test$ mkdir ~/bin $ cd ~/bin $ svn checkout http://ccpn.svn.sourceforge.net/svnroot/ccpn/branches/stable/ccpn/python/acpype acpype
$ cd ~/test $ tleap -f /opt/amber16/dat/leap/cmd/oldff/leaprc.ff14SB -f /opt/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.gaff -f /opt/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.water.tip3p > complex = loadpdb 1bna.pdb > check complex > addions2 complex K+ 0 > solvatebox complex TIP3PBOX 20 > saveamberparm complex 1bna.prmtop 1bna.inpcrd
tleap の後の複数の -f は力場ファイルの指定である (tleap 実行後に source コマンドで指定するのと同じ意味)complex は任意の変数名check complex で構造の異常を確認 (この場合だと「電荷が 0 でない」「原子同士が近すぎる」というワーニングが出る)addions2 を使って、K+ (カリウムイオン) で電荷を 0 にするsolvatebox は、溶質から溶質を覆うボックスまでの距離が 20 Å になるように、TIP3P の水分子で溶質を覆う1bna.prmtop (トポロジーファイル) と 1bna.inpcrd (座標ファイル) を出力する$ ~/bin/acpype/acpype.py -p 1bna.prmtop -x 1bna.inpcrd
1bna_GMX.top (Gromacs 用トポロジーファイル), 1bna_GMX.gro (Gromacs 用座標ファイル), em.mdp (最適化用計算ファイル), md.mdp (MD 用計算ファイル) が出力される$ gmx trjconv -s 1bna_md.tpr -f 1bna_md.trr -o 1bna_nojump.trr -pbc nojump -center
1bna_md.tpr: 計算に使った tpr ファイル (境界線を分子がまたいでないものが望ましいため、最適化のものを使うと良い)1bna_nojump.trr: 出力ファイル$ gmx trjconv -s 1bna_md.tpr -f 1bna_nojump.trr -o 1bna_nojump-center.trr -center -pbc mol -ur compact
1bna_md.tpr: 計算に使った tpr ファイル (境界線を分子がまたいでないものが望ましいため、最適化のものを使うと良い)1bna_nojump-center.trr: 出力ファイル$ cpptraj > parm 1bna.prmtop > trajin 1bna_md_nojump-center.trr > trajout 1bna_md.nc netcdf > go
1bna_md.nc が出力される$ parmed > gromber 1bna.top > outparm 1bna.prmtop > quit
gromber には計算に用いた .top ファイルを指定する1bna.prmtop が出力される