gmx pdb2gmx 実行時に、このファイルが読み込まれ、水素原子が不足している部位に水素原子が付加される。gmx pdb2gmx の -ignh はこのファイルを読み込まない。RES_NAME H_PATTERN_NUM
H_NUM PATTERN_TYPE H_NAME CONNECTED_HEAVY_ATOM CONNECTED_LIST
:
RES_NAME: 残基名H_PATTERN_NUM: 残基内の水素原子の結合パターン数 (この行の下に列挙するパターン数)H_NUM: この行で指定する水素原子結合パターンに属する水素原子数PATTERN_TYPE: (おそらく、水素結合様式？)H_NUM と PATTERN_TYPE の組み合わせ例は以下の通り。1 1: N-link N-H, C-terminal OH, aromatic CH1 2: Side-chain OH1 5: C-alpha CH2 3: NH22 6: Alkane3 4: N-terminal NH3, SP3 CH3H_NAME: 水素原子名 (ただし、Gromacs では NH2 のような特定の重原子に複数結合した水素の場合、NH'1 や NH'2 などのように最後に番号が付くが、最後の番号は省略する)CONNECTED_HEAVY_ATOM: 水素原子が直接結合している重原子の原子名CONNECTED_LIST: CONNECTED_HEAVY_ATOM に結合している重原子の原子名リスト (ただし、リストの個数は現在不明)dna.hdbDA5 9
1 2 H5T O5' C5' C4'
2 6 H5' C5' O5' C4'
1 5 H4' C4' C5' O4' C3'
1 5 H1' C1' O4' N9 C2'
1 1 H8 C8 N9 N7
2 3 H6 N6 C6 C5
1 1 H2 C2 N1 N3
1 5 H3' C3' C4' C2' O3'
2 6 H2' C2' C1' C3'
DA 8
2 6 H5' C5' O5' C4'
1 5 H4' C4' C5' O4' C3'
1 5 H1' C1' O4' N9 C2'
1 1 H8 C8 N9 N7
2 3 H6 N6 C6 C5
1 1 H2 C2 N1 N3
1 5 H3' C3' C4' C2' O3'
2 6 H2' C2' C1' C3'
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