目次

arn ファイル
- 概要
- 形式

arn ファイル

概要

AMBER や PDB での原子名を Gromacs (.gro) 形式の原子名に変換するためのリスト
gmx pdb2gmx では、このリストを基に .gro ファイルが生成される。

形式

フォーマット
```
MOLECULE_TYPE1   ATOM_NAME_PDB1    PDB_NAME_GROMACS1
MOLECULE_TYPE2   ATOM_NAME_PDB2    PDB_NAME_GROMACS2
MOLECULE_TYPE3   ATOM_NAME_PDB3    PDB_NAME_GROMACS3
    :
```
- MOLECULE_TYPE: 分子のタイプ
- ATOM_NAME_PDB: PDB や AMBER で用いられている原子名
- PDB_NAME_GROMACS: Gromacs で用いられている原子名

例. dna.arn

DNA  OP1  O1P
DNA  OP2  O2P
DNA  H2'  H2'1
DNA  H2'' H2'2
DNA  H5'  H5'1
DNA  H5'' H5'2
DNA  HO5' H5T
DNA  HO3' H3T