AMBER 用 ソフトウェア開発

.nc は NetCDF というフォーマットなので、そのフォーマットに従えば、どんなプログラムでも利用できる (ソフトウェア独自でないため、プログラムの開発や管理がしやすい; テキストベースだと AMBER のバージョンによって微妙に異なることがある)

netcdf モジュールのインストール

コード (Python 3.x) (hoge.nc を読み込む場合)

#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
 
import netCDF4
 
nc = netCDF4.Dataset("hoge.nc", "r")
 
# トラジェクトリ内のフレーム数取得
frame = len(nc.dimensions["frame"])
print(frame)
 
# 1フレームあたりの総原子数取得
atom = len(nc.dimensions["atom"])
print(atom)
 
# frame 0 (最初のフレーム) の時間 (ps)
time_ps = nc.variables["time"]["0"]
print(time_ps)
 
# frame 1 (2フレーム目) の全原子の座標
coord_frame = nc.variables["coordinates"][1]
print(coord_frame)
 
# frame 1 (2フレーム目) の 10 番目の原子の座標
coord_atom10 = nc.variables["coordinates"][1][9]
print(coord_atom10)
 
# frame 1 (2フレーム目) のセルサイズ
cell_length = nc.variables["cell_lengths"][1]
 
nc.close()

参考サイト

Netcdf はピンポイントでデータを取得できるため、mdcrd に比べて高速に処理できる。