====== Python モジュール: pandas ====== ===== 概要 ===== * Python のデータフレームモジュール * データフレームとは、複数のデータ型が入り交じるデータ集合を 1 つのデータセットでまとめたもの * リストやディクショナリ型でも対応は可能だが、例えば 1 原子に様々なパラメータ (座標や原子名、原子量などなど) が加わると、 * データへのアクセスの仕方が難しくなる * ソートが難しい * プログラム言語にもよるが、リストやディクショナリでは特定の型のデータしか格納できない * 内部のデータを確認する際に、for 文などで取り出して整形しないと見づらい * データフレームでは、自動で整形やソートの際の煩雑な作業をしてくれるのでデータ処理が楽になる。 ===== 使い方 ===== ==== インストール ==== $ sudo pip3 install pandas ==== モジュールの読み込み ==== import pandas あるいは import pandas as pd * ''as pd'' によって、以降 ''pd'' で呼び出せる。 * ここではこっちの読み込みをした場合で記述していく。 ==== データフレームの作成 ==== data_frame = \ pd.DataFrame([ ["Tanaka", "Suzuki", "Yamada"], [59, 20, 31], [150, 160, 159] ]).T data_frame.columns = ["Name", "Age", "Height"] data_frame.index = [1,2,3] * ''.T'': numpy の転置と同じ (pandas では、行を個々のデータ、列をデータの種類としているため、転置を使っている) * ''data_frame.columns'' で、各リストのデータ名 (カラム名) を上書きする * ''data_frame.index'' で、各リストのインデックス (シリアル ID) を上書きする * インデックスは数値でないといけない ==== データフレームへのアクセス ==== * カラム、インデックスへのアクセス\\ print(data_frame.columns) print(data_frame.index) * `data_frame.columns` でカラム一覧にアクセス * `data_frame.index` でインデックス一覧にアクセス * データへのアクセス * 単一カラムへのアクセス\\ print(data_frame["Name"]) * 複数カラムへのアクセス\\ print(data_frame[["Name", "Age"]]) * リストでカラム名を指定する * 行へのアクセス\\ print(data_frame[1:2]) * スライスで必ず、始点と終点を指定する * カラムと同時に指定する場合は、カラム、行の順番で。 * 参考サイト: [[http://akiyoko.hatenablog.jp/entry/2017/04/03/081630 | pandas.DataFrame の列の抽出(射影)および行の抽出(選択)方法まとめ - akiyoko blog]] ==== データの追加 ==== * カラムの追加\\ data_frame[NEW_COLUMN] = [DATA1, DATA2, DATA3, ...] * ''NEW_COLUMN'': 新しく追加するカラム名 * ''DATA1, DATA2, ...'': 追加するデータはリストで渡す * 次元が合わない場合は、エラーになる * 参考サイト: [[https://qiita.com/hi34/items/43c366dea18b46faf49d | pandasの基本操作 - Qiita]] * 行の追加\\ data_frame = data_frame.append(DATA_FRAME) * ''DATA_FRAME'': 追加するデータが入った pandas のデータフレーム * 次元が合わない場合は、''NaN'' となる。 * 返り値を受け取る形で更新する。 * 参考サイト: [[https://qiita.com/hi34/items/43c366dea18b46faf49d | pandasの基本操作 - Qiita]] * データフレームの追加 * 横に結合 (カラムの追加) \\ DATA_FRAME = pd.concat([DATA_FRAME1, DATA_FRAME2, ...], axis = 1) * 縦に結合 (行の追加)\\ DATA_FRAME = pd.concat([DATA_FRAME1, DATA_FRAME2, ...]) * 参考サイト: [[http://sinhrks.hatenablog.com/entry/2015/01/28/073327 | Python pandas 図でみる データ連結 / 結合処理 - StatsFragments]] * データの欠損は ''NaN'' 扱いとなる。''NaN'' を置換するには ''.fillna()'' を使う。\\ DATA_FRAME.fillna("") * 上記の例では、''NaN'' が空の文字列に置換される。 * 参考サイト: [[https://note.nkmk.me/python-pandas-nan-dropna-fillna/ | pandasで欠損値NaNを除外(削除)・置換(穴埋め)する | Python / note.nkmk.me]] ==== 値の取得・変更 ==== * 行ラベルと列ラベルで指定した値を取得\\ DF.at[ROW_LABEL, COL_LABEL] * ''DF'': データフレーム変数 * ''ROW_LABEL'': 行ラベル * ''COL_LABEL'': 列ラベル * 行ラベルと列ラベルで指定した値を変更\\ DF.at[ROW_LABEL, COL_LABEL] = VALUE * ''DF'': データフレーム変数 * ''ROW_LABEL'': 行ラベル * ''COL_LABEL'': 列ラベル * ''VALUE'': 新しい値 * 行番号と列番号で指定した値を取得\\ DF.iat[ROW_INDEX, COL_INDEX] * ''DF'': データフレーム変数 * ''ROW_INDEX'': 行番号 * ''COL_INDEX'': 列番号 * 行番号と列番号で指定した値を変更\\ DF.iat[ROW_INDEX, COL_INDEX] = VALUE * ''DF'': データフレーム変数 * ''ROW_INDEX'': 行番号 * ''COL_INDEX'': 列番号 * ''VALUE'': 新しい値 * 参考サイト: [[https://note.nkmk.me/python-pandas-at-iat-loc-iloc/ | pandasで任意の位置の値を取得・変更するat, iat, loc, iloc | Python / note.nkmk.me]] ==== データフレームのサイズ確認 ==== * 2 つの方法がある。 * ''.index'' や ''.columns'' で取得したカラム名やインデックス名のリストを ''len()'' を使って取得する。 * ''DATA_FRAME.shape'' でインデックスとカラム数を同時に取得する。 ==== ファイルの読み込み ==== * テキストファイルの場合\\ DF = pd.read_table("INPUT.txt", names = [LABEL1, LABEL2, ...]) * ''DF'': データフレームを格納する変数 * ''INPUT.txt'': 入力ファイル * ''LABEL1, LABEL2,...'': カラム名 ==== CSV ファイルの読み書き ==== * 読み込み\\ DF = pd.read_csv(CSV_FILE[, OPTION]) * ''DF'': データフレームを格納する変数 * ''CSV_FILE'': CSV ファイルのパス * ''OPTION'': その他のオプション (任意) * この場合、1 行目が列ラベルとして割り当てられる。 * 列ラベルの指定方法 * 1 行目をラベルとして割り当てたくない場合は、''OPTION'' に ''header = None'' を指定する。 * 任意の列ラベルを指定する場合は、''OPTION'' に ''name = (LABEL1, LABEL2, ...)'' を付け、''LABEL1'' や ''LABEL2'' に列ラベルを指定していく。 * 特定の行を列ラベルとして指定する場合は、''OPTION'' に ''header = NUM'' の ''NUM'' に行番号 (0 から始まる) を指定する。この場合、指定した行より上の行は無視される。 * 行ラベルの指定方法 * 特定の列を行ラベルを指定する場合は、''OPTION'' に ''index_col = NUM'' の ''NUM'' に列番号 (0 から始まる) を指定する。 * 書き出し\\ DF.to_csv(CSV_FILE[, OPTION]) * ''DF'': データフレームが格納された変数 * ''CSV_FILE'': 出力する CSV ファイルのパス * ''OPTION'': その他のオプション (任意) * 特定の列のみを書き出す場合、''OPTION'' に ''columns = [LABEL1, LABEL2, ...]'' を追加し、''LABEL1'' や ''LABEL2'' に書き出す列ラベルを指定していく。 * 列ラベルや行ラベルも書き出す場合は、''OPTION'' に ''header'' (列ラベル) や ''index'' (行ラベル) を追加し、''TRUE'' や ''FALSE'' で ON/OFF を切り替える。デフォルトは両方 ''True'' * 区切り文字を指定する場合は、''OPTION'' に ''sep = SEP'' を追加し、''SEP'' に区切り文字を指定する。''SEP'' に ''\t'' を指定すると、TSV 形式のファイルで出力できる。 * 参考サイト: * [[https://note.nkmk.me/python-pandas-read-csv-tsv/ | pandasでcsv/tsvファイル読み込み(read_csv, read_table) | Python / note.nkmk.me]] * [[https://note.nkmk.me/python-pandas-to-csv/ | pandasでcsvファイルの書き出し・追記(to_csv) | Python / note.nkmk.me]] {{tag>プログラミング}}