====== r2b ファイル ====== ===== 概要 ===== * 残基名を末端用に変換するためのリスト * PDB ファイルには末端残基名でない場合もあるため、このようなマッピングが必要になる。 ===== 形式 ===== * フォーマット\\ RES_NAME RES_MAIN RES_N RES_C RES_2 : * ''RES_NAME'': 残基名 * ''RES_MAIN'': 末端でない場合の残基名 (マッピングしない場合は ''-'' を記入) * ''RES_N'': N 末端の残基名 (核酸の場合は 5'-末端) (マッピングしない場合は ''-'' を記入) * ''RES_C'': C 末端の残基名 (核酸の場合は 3'-末端) (マッピングしない場合は ''-'' を記入) * ''RES_2'': 2-末端の残基名? (現在不明; アミノ酸ではマッピングされておらず、核酸において ''DAN'', ''DGN'', ''DCN'', ''DTN'', ''RAN'', ''RGN'', ''RCN'', ''RTN'' がマッピングされている) * 例. ''aminoacids.r2b''\\ ; rtp residue to rtp building block table ;GMX Force-field ; main N-ter C-ter 2-ter ALA ALA NALA CALA - ARG ARG NARG CARG - ARGN - - - - ASN ASN NASN CASN - ASP ASP NASP CASP - ASPH ASH - - - CYS CYS NCYS CCYS - CYS2 CYX NCYX CCYX - GLN GLN NGLN CGLN - QLN - - - - GLU GLU NGLU CGLU - :