====== arn ファイル ====== ===== 概要 ===== * AMBER や PDB での原子名を Gromacs (.gro) 形式の原子名に変換するためのリスト * ''gmx pdb2gmx'' では、このリストを基に .gro ファイルが生成される。 ===== 形式 ===== * フォーマット\\ MOLECULE_TYPE1 ATOM_NAME_PDB1 PDB_NAME_GROMACS1 MOLECULE_TYPE2 ATOM_NAME_PDB2 PDB_NAME_GROMACS2 MOLECULE_TYPE3 ATOM_NAME_PDB3 PDB_NAME_GROMACS3 : * ''MOLECULE_TYPE'': 分子のタイプ * ''ATOM_NAME_PDB'': PDB や AMBER で用いられている原子名 * ''PDB_NAME_GROMACS'': Gromacs で用いられている原子名 * 例. ''dna.arn''\\ DNA OP1 O1P DNA OP2 O2P DNA H2' H2'1 DNA H2'' H2'2 DNA H5' H5'1 DNA H5'' H5'2 DNA HO5' H5T DNA HO3' H3T