====== arn ファイル ======
===== 概要 =====
* AMBER や PDB での原子名を Gromacs (.gro) 形式の原子名に変換するためのリスト
* ''gmx pdb2gmx'' では、このリストを基に .gro ファイルが生成される。
===== 形式 =====
* フォーマット\\
MOLECULE_TYPE1 ATOM_NAME_PDB1 PDB_NAME_GROMACS1
MOLECULE_TYPE2 ATOM_NAME_PDB2 PDB_NAME_GROMACS2
MOLECULE_TYPE3 ATOM_NAME_PDB3 PDB_NAME_GROMACS3
:
* ''MOLECULE_TYPE'': 分子のタイプ
* ''ATOM_NAME_PDB'': PDB や AMBER で用いられている原子名
* ''PDB_NAME_GROMACS'': Gromacs で用いられている原子名
* 例. ''dna.arn''\\
DNA OP1 O1P
DNA OP2 O2P
DNA H2' H2'1
DNA H2'' H2'2
DNA H5' H5'1
DNA H5'' H5'2
DNA HO5' H5T
DNA HO3' H3T