====== 入力ファイル作成 ======
===== 概要 =====
  * 入力ファイルの作成には ''tleap''、あるいは ''xleap'' (GUI バージョン) を使う (ここでは tleap での操作を紹介する)
  * ここでは、hoge.pdb という構造ファイルから、Amber14SB 力場を指定した入力ファイルを作成する

===== 特殊な残基 (リガンドなど) を含まない系 =====
<code bash>$ tleap
> source /opt/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.ff14SB
> system = loadpdb hoge.pdb
> check system
> addions2 system K+ 0
> solvatebox system TIP3PBOX 20.0
> saveamberparm system hoge.prmtop hoge.inpcrd
</code>
    * ''source'': パラメータファイル (力場) を読み込む
      * パラメータファイルは $AMBERHOME/dat/leap の prep、lib、parm、cmd に含まれている; cmd がパラメータセットなので、ここのファイルを読み込むと、複数のパラメータを一度に読み込んでくれる
      * tleap 実行時に -f オプションでパラメータファイルを指定すると、この source コマンドは不要
    * 'loadpdb': PDB ファイルを読み込む
      * ここで指定した ''system'' は、変数名なので任意の文字列で OK。以降は構造を変数名で指定していく。
    * ''check'': 構造やパラメータのチェック
      * 構造に問題があると、ここでエラーや warning が表示される (エラーが出た場合は、''quit'' で tleap を終了させて、構造やパラメータをチェックしなければならない)
        * ''WARNING: The unperturbed charge of the unit: x.xxx is not zero.''\\ 系の電荷が 0 でない場合に表示される (この後の addions2 で解決できるため、無視しても良い)
        * ''Warning: Close contact of DISTANCE angstroms between .R<RESIDUE1>.A<ATOM> and .R<RESIDUE2>.A<ATOM>''\\ 原子間の距離が近すぎる場合に表示される (この後の最適化で解決できるため、無視しても良い)
    * ''addions2'': イオンを系に追加する
      * 第1引数: 系を指定する変数
      * 第2引数: 追加するイオン
      * 第3引数: イオンの個数 (0 を指定すると、電荷が 0 になるようにイオンが追加される)
      * 第4引数: 追加する別のイオン
      * 第5引数: 追加する別のイオンの個数 (0 を指定すると、電荷が 0 になるようにイオンが追加される)
    * ''solvatebox'': 水分子を追加する (この他に solvateshell や solvateoct などのコマンドも存在する)
      * 第1引数: 系を指定する変数
      * 第2引数: 水分子のモデルの指定 (''TIP3PBOX'' は TIP3P の水分子モデルを指定している)
      * 第3引数: 溶質からの水分子の厚さ(Å) (ここでは、溶質から 20 Å を指定している)
    * ''saveamberparm'': 入力ファイルを保存する
      * 第1引数: 系を指定する変数
      * 第2引数: パラメータファイル (MD計算で使う)
      * 第3引数: 構造ファイル (MD計算で使う)

===== リガンド (通常の力場に含まれない低分子) を含む系 =====

<note warning>書きかけ</note>


===== 特殊残基 (通常の力場に含まれない残基が結合している) を含む系 =====
 
<note warning>書きかけ</note>


===== 周期境界ボックスのサイズを指定する場合 (溶液のイオン濃度を指定する場合) =====

    - 中心座標の取得\\ <code bash>$ tleap
> source /opt/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.ff14SB
> system = loadpdb hoge.pdb
> check system
> center system
> quit
</code>
      * ''center'' コマンドで表示された座標をコピーしておく (コンマで区切った値であることに注意)
    - 入力ファイルの作成\\ <code bash>$ tleap
> source /opt/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.ff14SB
> system = loadpdb hoge.pdb
> set system box {X Y Z}
> translate system {コピーした座標にそれぞれ -1 をかけた座標}
> addions2 system K+ 0
> solvatebox system TIP3PBOX 0.1
> saveamberparm system hoge.prmtop hoge.inpcrd
</code>
      * ''set ... box'': 周期境界ボックスのサイズを設定 (スペースで区切った値であることに注意)
      * ''translate ...'': 系の座標のシフト (コンマで区切った値であることに注意)
        * ''set ... box'' は原点 (0,0,0) を中心に展開するので、系の中心を原点にするため、各座標の値に -1 をかけたものを指定する
      * ''solvatebox ...'': ここで指定された厚さは指定したボックスからの距離となるので、0.1 などの小さい厚さを設定しておく
    * 参考サイト: [[http://blog.livedoor.jp/ag_plusplus/archives/68386641.html | Ag++ : AmberToolsのLEaPで任意のサイズの周期境界ボックスに蛋白質を配置する方法]]

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