====== AMBER ======
===== 概要 =====
  * 分子動力学 (Molecular Dynamics; MD) 計算プログラム
  * MD エンジンは、2 年に一度 (偶数年) リリースされるらしい。
  * AMBER の入力ファイル作成や解析に必要なツール AmberTools は毎年リリースされるらしい。
  * MD エンジンは有償
    * もともと sander と呼ばれる実行プログラムが MD エンジンだったが、それより高速に計算できる PMEMD がリリースされた。
      * PMEMD は、sander の一部機能を削り、高速化を重視しているらしい。
      * とはいえ、普通に使う分にはあまり支障がないのだが…。
    * 高速に計算する MD エンジン PMEMD は有償のままだが、sander は AmberTools に付属され、無償化している。\\ [[http://blog.livedoor.jp/ag_plusplus/archives/68147435.html | Ag++ : Mac OSにAmberTools 14をインストール]]
  * AmberTools は無償

===== 内容 =====
  * [[分子シミュレーション関連/AMBER/インストール方法]]
  * [[分子シミュレーション関連/AMBER/入力ファイルの作成]]
  * [[分子シミュレーション関連/AMBER/解析方法]]
  * [[分子シミュレーション関連/AMBER/ソフトウェア開発]]


{{tag>Linux 分子シミュレーション アプリケーション}}