====== torque (旧OpenPBS) ====== ===== 概要 ===== * 計算機クラスターのジョブ管理スケジューラ * 異なるジョブを逐次処理させたい場合に便利 (以下の条件の時とか？) * メモリや CPU を最大まで使うジョブが複数あり、同時に流すとリソースの取り合いになる。最悪の場合、計算機が落ちる。 * コマンドラインで、 && とか ; で複数のジョブをつなげても実現できるけど、その後に追加のジョブが入った場合は？ * ジョブの終了時間を予測し、マージンをとって、at コマンドで時間を指定してジョブを実行する方法もあるけど、マージン分の時間がもったいない。予測が外れたらリソースの取り合いになる。 * 要はプリンターの印刷状況画面のキュー (印刷データ) が、ジョブに置き換わっただけ。 * 別に計算機クラスターである必要はなく、自分の PC に入れても問題ない * Ubuntu (Debianも？)では、torque-server (サーバ用)、torque-scheduler (スケジューラ)、torque-mom (ノード用) の 3 つのパッケージで機能する * スケジューラを変えるなどすることもあるようだ ===== 導入方法 ===== ==== サーバ側(サーバでもジョブを処理させる場合) ==== - インストール * サーバでもジョブを処理させる場合 \\ $ sudo apt-get install torque-server torque-mom torque-client torque-scheduler - 起動中の torque を終了させる - 起動中の torque を確認\\ $ ps -e | grep pbs - root 権限で終了させる (service コマンドの stop や kill) する\\ $ sudo service torque-mom stop $ sudo service torque-scheduler stop $ sudo service torque-server stop※service コマンドで torque-server が終了しない場合\\ $ sudo kill 2427724277 は、pbs_server の PID で ''ps -e | grep pbs'' で確認する - 設定ディレクトリの設定\\ $ sudo mkdir /var/spool/torque/server_priv $ sudo chmod 777 /var/spool/torque/spool /var/spool/torque/undelivered $ sudo chmod o+t /var/spool/torque/spool /var/spool/torque/undelivered - サーバ名の設定\\ $ sudoedit /etc/torque/server_nameホスト名を入れる - 新たにサーバプロファイルを作成 (このコマンドを実行すると torque_server が起動する)\\ $ sudo pbs_server -t create - ノードの設定\\ $ ps -e | grep pbs $ sudo kill xxxxx $ sudoedit /var/spool/torque/server_priv/nodes * 中には ''__ノード名__ np=__CPU数__'' を列挙していく * 例:\\ server np=8 node1 np=4 node2 np=4 node3 np=2 - ホスト名の設定\\ $ sudoedit /etc/hosts * 127.0.0.1 は localhost からホスト名に変更 * 127.0.1.1 はコメントアウト * ノードのホスト名も入れていく - サーバやキューの設定 (設定ファイルを読み込ませる)\\ $ sudo service torque-server start $ sudo qmgr < queue.conf * 設定ファイル (queue.conf) は以下の通り\\ # # Create queues and set their attributes. # # # Create and define queue F # create queue F set queue F queue_type = Execution set queue F resources_default.ncpus = 1 set queue F resources_default.nodes = 1 set queue F enabled = True set queue F started = True # # Create and define queue Q2 # create queue Q2 set queue Q2 queue_type = Execution set queue Q2 max_running = 1 set queue Q2 resources_max.ncpus = 4 set queue Q2 resources_max.nodes = 1 set queue Q2 resources_default.ncpus = 1 set queue Q2 resources_default.nodes = 1 set queue Q2 resources_available.ncpus = 4 set queue Q2 resources_available.nodes = 1 set queue Q2 enabled = True set queue Q2 started = True # # Create and define queue Q4 # create queue Q4 set queue Q4 queue_type = Execution set queue Q4 max_running = 1 set queue Q4 resources_max.ncpus = 4 set queue Q4 resources_max.nodes = 1 set queue Q4 resources_default.ncpus = 1 set queue Q4 resources_default.nodes = 1 set queue Q4 resources_available.ncpus = 4 set queue Q4 resources_available.nodes = 1 set queue Q4 enabled = True set queue Q4 started = True # # Create and define queue Q1 # create queue Q1 set queue Q1 queue_type = Execution set queue Q1 max_running = 1 set queue Q1 resources_max.ncpus = 4 set queue Q1 resources_max.nodes = 1 set queue Q1 resources_default.ncpus = 1 set queue Q1 resources_default.nodes = 1 set queue Q1 resources_available.ncpus = 4 set queue Q1 resources_available.nodes = 1 set queue Q1 enabled = True set queue Q1 started = True # # Create and define queue Q3 # create queue Q3 set queue Q3 queue_type = Execution set queue Q3 max_running = 1 set queue Q3 resources_max.ncpus = 4 set queue Q3 resources_max.nodes = 1 set queue Q3 resources_default.ncpus = 1 set queue Q3 resources_default.nodes = 1 set queue Q3 resources_available.ncpus = 4 set queue Q3 resources_available.nodes = 1 set queue Q3 enabled = True set queue Q3 started = True # # Set server attributes. # set server scheduling = True set server default_queue = F set server log_events = 511 set server query_other_jobs = True set server scheduler_iteration = 600 set server node_check_rate = 150 set server tcp_timeout = 6 set server node_pack = False set server allow_node_submit = True * F: 制限がないキュー * Q1〜Q4: 1 ジョブしか流せないキュー - 起動\\ $ sudo service torque-scheduler start $ sudo service torque-mom start - サーバ名の確認\\ $ qstat -q - サーバの設定状況の確認\\ $ pbsnodes -a - テスト\\ $ echo "sleep 30" | qsub $ qstat ==== サーバ側 (サーバでジョブを処理させない場合) ==== - インストール \\ $ sudo apt-get install torque-server torque-scheduler ==== ノード側 ==== - インストール\\ $ sudo apt-get install torque-mom torque-client ===== 使い方 ===== * ジョブ投入\\ $ qsub [オプション] ジョブファイル Job id Name User Time Use S Queue ------------------------- ---------------- --------------- -------- - ----- 760.servername JOB_NAME1 hoge 311:35:2 R F 762.servername JOB_NAME2 hoge 165:50:2 R F 860.servername JOB_NAME3 fuga 03:03:40 R F * Job id: 投入順に番号が付けられる (job id を指定するコマンドでは、最初の数字だけで十分) * Name: ジョブ名 * qsub の -N オプションや、ジョブファイルの PBS -N で指定が可能 * オプションなどで指定されていない場合は、ジョブファイル名の先頭から15文字が使われる * User: ジョブを投入したユーザ名 * Time: ジョブ処理にかかっている時間 (複数の CPU を指定している場合は、CPU 数に合わせて倍になる) * S: ステータス * R: Running (処理中) * Q: Queue (待機中) * H: Hold (保留中; ジョブの順番が回ってきても処理しない) * E: Exit (終了; ？) * T: 移行中(？) * W: 待機中(？) * Queue: ジョブが所属しているキュー * ジョブ一覧\\ $ qstat [オプション] * ジョブ削除\\ $ qdel ジョブID ... * ジョブIDは複数指定が可能 * ジョブの順序の入れ替え\\ $ qorder ジョブID1 ジョブID2 * ジョブの保留(ジョブ実行の順番が回ってきても実行しない) \\ $ qhold ジョブID1 ジョブID2 ... * ジョブの保留解除\\ $ qrls ジョブID1 ジョブID2 ... * ジョブの実行\\ $ qrun ジョブID1 ジョブID2 ... * キューの変更\\ $ qmove 変更後のキュー名 ジョブID * ジョブにシグナルを送信\\ $ qsig -s シグナル ジョブID * STOP: ジョブのサスペンド(ジョブを停止することなく、CPU を空ける; ただし、torque としては CPU が空くわけではないので、次のジョブは実行されない) * CONT: サスペンドしたジョブの再開 ===== ジョブファイル ===== * ジョブの内容を書いたシェルスクリプト * シバン行 (#!/bin/bash など) に続いて、''#PBS ...'' で始まるジョブ指定 * 例 (bash ベースの場合): \\ #!/bin/bash #PBS -V #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -j oe #PBS -N jobname cd ${PBS_O_WORKDIR} 実行コマンド : * ${PBS_O_WORKDIR}: torque が利用する作業ディレクトリ (必ず書く必要がある) * オプション (qsub のオプションと同じ) ^ オプション ^ 意味 ^ 値 ^ |-V|ジョブを投入した所の環境変数をすべて、ジョブファイルにも適用する| | |-v|ジョブを投入した所の環境変数を指定した分だけ、ジョブファイルにも適用する| | |-q|キューの指定| | |-j|出力ファイルの制御|oe: 標準出力と標準エラーを標準ファイル(*.o__ジョブID__)にまとめる, eo: 標準出力と標準エラーを標準エラーファイル(*.e__ジョブID__)にまとめる, 指定しない場合は、それぞれのファイルが出力される| |-o|標準出力ファイルのパス| | |-e|標準エラーファイルのパス| | |-m|メール送信の方法|次の文字の組み合わせでメールの送信タイミングを指定 a: ジョブが失敗, b: ジョブが開始, e: ジョブが終了, n: 何もしない| |-M|メールの送信先| | |-l|リソースの指定(複数ある場合は、カンマで区切る)|walltime=__24:00:00__| |:::|:::|nodes=__2__:ppn=__2__ (2CPUずつ2ノードを使う; 計4CPU)| |:::|:::|nodes=__ノード1__:ppn=__3__+__ノード2__:ppn=__2__+__ノード3__:ppn=__1__ (特定のノードを利用する場合はノード名を書いて + で結合する)| |:::|:::|mem, ncpu が使える| |-N|ジョブ名|指定しない場合は、ジョブファイル名の先頭から15文字| ===== キューの設定項目 ===== ==== サーバ設定 ==== ''set server ...'' で始まる項目 ^ 項目 ^ 意味 ^ 値 (太字がデフォルト) ^ |scheduling|スケジューリングの有効化|true or false| |default_queue|デフォルトのキューを設定| | |log_events|ログの出力内容| | |query_other_jobs|root以外のユーザが他人のジョブを閲覧する許可|true or **false**| |scheduler_iteration|?| | |node_check_rate|ノードが死亡していると判断するまでの時間(秒)|整数値 (**600**)| |tcp_timeout|pbs_serverとpbs_mon間のTCPソケットのタイムアウト時間(秒)|整数値 (**8**)| |node_pack|1つのノードを埋めてから次のノードを利用するか|true or false| |allow_node_submit|ノードからのジョブ投入の許可|true or **false**| === キュー設定 === ''set queue キュー名 ...'' で始まる項目 ^ 項目 ^ 意味 ^ 値 (太字がデフォルト) ^ |queue_type|キュータイプ| execution(e) or route%%(r)%%| |resource_default.ncpus|デフォルトで指定されるCPU数| | |resources_default.nodes|デフォルトで指定されるノード数| | |enabled|ジョブの受け入れ(このキューでのジョブ投入を許可するか)|true or **false**| |started|ジョブを実行するか(falseならhold状態で投入される)|true or **false**| ===== その他 ===== * qmgr の設定を表示\\ $ echo 'p s' | sudo qmgr * '''p s''' は '''print server''' でも可 * 長時間ジョブを別々のキューで走らせた時に後方にある一方のキューが動かない * 例: - CPU が 2 つある計算機上で、CPU を 1 つのみ使い、1 つずつしか走らせることができないキュー A, B にジョブを 3 つずつ投入する予定である (計6ジョブ) * ジョブ A1, A2, A3 * ジョブ B1, B2, B3 * それぞれのジョブは 25 時間以上かかるものとする - 先にキュー A に 3 ジョブ (A1, A2, A3) 投入する (CPU は 1 つしか使っていない状態) - 25時間後に、キュー B の 3 ジョブ (B1, B2, B3) を投入する (本来ならば、キュー B のジョブの処理がすぐに開始されるはず…) - なぜか、キュー B のジョブが開始しない * 原因: starving job 機構 * ジョブスケジューラはジョブの処理数を上げるため、指定された walltime が短いジョブから順に処理していく。 * しかし、これだと walltime が長いジョブは、短いジョブが後から次々と投入されると、一向に処理されない状態になる * これを解決するために、starving job 機構があり、待機状態にあるジョブ (walltime が長いジョブ) が一定時間超えると、そのジョブを優先的に処理しようとする。 * torque の starving job 機構のデフォルトの設定時間は 24 時間 * 例で示した場合、A1 の処理中に 24 時間が経過し、A2, A3 が優先的に処理されるように設定されるが、キュー A はそもそも同時に 1 つしか処理できないため、CPU が 1 つ空いたまま、B1, B2, B3 は待機状態となる。 * キューに使用 CPU や同時ジョブ処理数の制限がかかっていると、例のような問題が起こる * 解決方法 (/var/spool/torque/sched_priv/sched_config の編集) * starving job 機構の無効化 * ''help_starving_jobs true ALL'' の true を false に変える * 機構が有効になるまでの時間の変更 * ''max_starve: 24:00:00'' の時間を長くする * job starving 機構の問題の見分け方 * ''$ qstat -f'' でジョブ状態を表示し、その中に ''comment = Not Running: Draining system to allow starving job to run'' とあれば、この問題でジョブが処理されないことになる。 ===== 参考サイト ===== * [[http://tech.ckme.co.jp/torque.shtml | TORQUEの導入・設定：tech.ckme.co.jp]] インストールなど * [[http://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-0-2/Content/topics/4-serverPolicies/queueAttributes.htm | Queue attributes]] qmgr キューの設定 * [[http://docs.adaptivecomputing.com/torque/3-0-5/a.bserverparameters.php | ]] qmgr サーバ設定 * [[http://wiki.epii.jp/%E3%82%BD%E3%83%95%E3%83%88%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%82%A2/TORQUE | ソフトウェア/TORQUE - epii's Wiki]] qmgr サーバ設定 * [[http://www.nas.nasa.gov/hecc/support/kb/commonly-used-qsub-options-in-pbs-scripts-or-in-the-qsub-command-line_175.html | Commonly Used QSUB Options in PBS Scripts or in the QSUB Command Line - HECC Knowledge Base]] ジョブファイルオプション