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| 分子シミュレーション関連:gromacs [2017/04/07 14:01] – [Tips] mumeiyamibito | 分子シミュレーション関連:gromacs [2019/07/01 09:42] (現在) – [計算手順] mumeiyamibito | ||
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| * 生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ | * 生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ | ||
| - | ===== インストール方法 | + | ===== インストール ===== |
| - | ==== 簡単な方法 | + | * [[分子シミュレーション関連/ |
| - | * <code bash>$ sudo apt-get install gromacs gromacs-data gromacs-mpich gromacs-openmpi</ | + | |
| - | * ただし、バージョンが Ubuntu のリポジトリで固定されてしまうため、最新版を扱いたい場合は、[[分子シミュレーション関連/ | + | |
| ===== 計算手順 ===== | ===== 計算手順 ===== | ||
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| * [[分子シミュレーション関連/ | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| * [[分子シミュレーション関連/ | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
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| + | ===== ファイルの仕様 ===== | ||
| + | ==== 力場 ==== | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
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| ===== Tips ===== | ===== Tips ===== | ||