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| 分子シミュレーション関連:gromacs [2016/10/06 13:54] – [計算手順] mumeiyamibito | 分子シミュレーション関連:gromacs [2019/07/01 09:42] (現在) – [計算手順] mumeiyamibito | ||
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| * 生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ | * 生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ | ||
| - | ===== インストール方法 | + | ===== インストール ===== |
| - | ==== 簡単な方法 | + | * [[分子シミュレーション関連/ |
| - | * <code bash>$ sudo apt-get install gromacs gromacs-data gromacs-mpich gromacs-openmpi</ | + | |
| - | * ただし、バージョンが Ubuntu のリポジトリで固定されてしまうため、最新版を扱いたい場合は、[[分子シミュレーション関連/ | + | |
| ===== 計算手順 ===== | ===== 計算手順 ===== | ||
| - | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| * [[分子シミュレーション関連/ | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| - | | + | * [[分子シミュレーション関連/ |
| - | | + | |
| * [[分子シミュレーション関連/ | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
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| + | ===== ファイルの仕様 ===== | ||
| + | ==== 力場 ==== | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | |||
| ===== Tips ===== | ===== Tips ===== | ||
| 行 26: | 行 30: | ||
| * g_dist -> distance | * g_dist -> distance | ||
| * g_sgangle -> ganglle | * g_sgangle -> ganglle | ||
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| * マニュアルにコマンドの使い方が載っていない ('' | * マニュアルにコマンドの使い方が載っていない ('' | ||
| * 参考サイト: | * 参考サイト: | ||
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| + | ===== 参考サイト ===== | ||
| + | * [[https:// | ||
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