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| 分子シミュレーション関連:gromacs [2016/08/26 10:24] – [計算手順] mumeiyamibito | 分子シミュレーション関連:gromacs [2019/07/01 09:42] (現在) – [計算手順] mumeiyamibito | ||
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| 行 4: | 行 4: | ||
| * 生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ | * 生体分子の分子動力学シミュレーションパッケージといえば、AMBER と Gromacs ってぐらい有名なパッケージ | ||
| - | ===== インストール方法 | + | ===== インストール ===== |
| - | ==== 簡単な方法 | + | * [[分子シミュレーション関連/ |
| - | * <code bash>$ sudo apt-get install gromacs gromacs-data gromacs-mpich gromacs-openmpi</ | + | |
| - | * ただし、バージョンが Ubuntu のリポジトリで固定されてしまうため、最新版を扱いたい場合は、[[分子シミュレーション関連/ | + | |
| ===== 計算手順 ===== | ===== 計算手順 ===== | ||
| - | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| * [[分子シミュレーション関連/ | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| - | * [[分子シミュレーション関連/ | + | |
| + | | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | |||
| + | ===== ファイルの仕様 ===== | ||
| + | ==== 力場 ==== | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| + | * [[分子シミュレーション関連/ | ||
| ===== Tips ===== | ===== Tips ===== | ||
| * Ver. 5 の変更点 | * Ver. 5 の変更点 | ||
| - | * 各種コマンドが gmx のサブコマンドに変わった | + | * 各種コマンドが gmx のサブコマンドに変わった |
| + | * 一部のコマンド (現サブコマンド) の名前が変わった | ||
| + | * tpbconv -> convert-tpr | ||
| + | * genbox -> solvate, insert molecule | ||
| + | * g_bond -> distance | ||
| + | * g_dist -> distance | ||
| + | * g_sgangle -> ganglle | ||
| * マニュアルにコマンドの使い方が載っていない ('' | * マニュアルにコマンドの使い方が載っていない ('' | ||
| - | * tpbconv が convert-tpr に変更された ([[http://jenkins.gromacs.org/job/Documentation_Nightly_master/javadoc/user-guide/ | + | * 参考サイト: |
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| + | ===== 参考サイト ===== | ||
| + | * [[https://wiki.archlinuxjp.org/index.php/GROMACS#.E3.82.B7.E3.83.9F.E3.83.A5.E3.83.AC.E3.83.BC.E3.82.B7.E3.83.A7.E3.83.B3.E3.81.AE.E5.BB.B6.E9.95.B7 | ||
| + | {{tag> | ||